Votre génome prédit-il votre visage ? Pas encore tout à fait

Actes de l'Académie nationale des sciences, MIT Technology Review

Lundi, la société californienne de chasse aux gènes Human Longevity publié un article faisant l'affirmation audacieuse qu'il peut identifier les individus en utilisant leurs génomes pour prédire à quoi ressemble leur visage.

L'affirmation - que votre ADN peut être utilisé pour créer une reconstruction de type photo de vous - a des implications potentiellement importantes. Cela permettrait à la police de sélectionner des suspects parmi une file d'attente à l'aide d'une tache de sang et cela signifierait qu'aucun génome collecté pour la recherche n'est vraiment privé.

Mais une réaction cinglante à l'article sur la prédiction des visages par les scientifiques sur les réseaux sociaux n'est probablement pas ce que le fondateur de Human Longevity, le célèbre expert en génomique J. Craig Venter, avait à l'esprit.

Selon deux experts qui ont examiné l'article – et un ancien employé – Venter ne peut pas réellement sélectionner une personne parmi une foule à l'aide d'un génome, et son rapport a eu du mal à trouver un éditeur.

Craig Venter ne peut pas prédire les visages, a déclaré sans ambages Yaniv Erlich, directeur scientifique de MyHeritage.com, un site Web de généalogie, sur Twitter. Pour faire le point, Erlich posté La prédiction de Venter de son propre visage, notant qu'il ressemblait plus à l'acteur Bradley Cooper qu'au biologiste devenu entrepreneur.

L'équipe de Venter a utilisé les données du génome pour prédire la forme du visage, la couleur des yeux et des cheveux, et même à quoi ressemble votre voix et les a fusionnées en images qu'ils ont jugées suffisamment précises pour ré-identifier à qui appartenait le génome.

Mais les sceptiques disent que Human Longevity utilise en fait la race et le sexe d'une personne - facilement mesurés à partir de tests ADN plus simples et non d'une nouvelle idée - pour créer des images qui dépeignent des visages moyens, et non des visages spécifiques, comme l'a dit la société.

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En utilisant sa méthode, la société a indiqué qu'elle pouvait choisir la bonne personne parmi une liste de 20 photographies environ 70% du temps. Mais après avoir écarté les personnes d'un sexe et d'une race différents de ceux du sujet, la précision a chuté de façon drastique. Utilisé pour choisir un homme européen spécifique parmi une gamme de 20 autres hommes européens, c'était juste 11% du temps.

La prédiction de visage prédit simplement le visage moyen pour votre course. Vous direz toujours : « Wow, ça me ressemble », dit Jason Piper, un expert en génétique qui a travaillé chez Human Longevity. Piper, qui est répertorié comme auteur de l'article mais qui est maintenant employé par Apple, s'est également adressé à Twitter pour critiquer ses conclusions comme étant injustifiées.

Des enjeux élevés

L'étude du visage visait à montrer les capacités de Human Longevity, qui a permis de récolter environ 300 millions de dollars pour séquencer un million de génomes humains. Le business plan : créer la plus grande base de données ADN de la planète et libérer la puissance du génome pour faire des prédictions sur la santé.

L'effort pour amasser en privé des informations sur les gènes a fait écho au rôle controversé de Venter dans le projet original du génome humain, lorsqu'il a fait la course avec des scientifiques du secteur public pour terminer une première ébauche. Ses efforts à l'époque pour créer un Bloomberg de données ADN, par l'intermédiaire de son ancienne société Celera, n'ont pas abouti.

Avec sa nouvelle entreprise, le grand nom et l'ambition de Venter l'ont à nouveau aidé à attirer des stars, telles que le spécialiste de l'apprentissage automatique Franz Och, qui a rejoint Google pour analyser les données. Dans un Health Nucleus à San Diego, Venter a commencé à proposer des bilans médicaux ultra-détaillés coûtant jusqu'à 25 000 $. Sont inclus une lecture du génome et une affiche scientifique personnalisée représentant les gènes d'un client.

Le projet de prédiction de visage a été entrepris pour démontrer la valeur de ces offres. Après tout, si Venter peut imprimer votre visage à partir de votre ADN, alors les bilans médicaux de Human Longevity doivent en valoir la peine. Si je vous dis que vous êtes à risque de maladie cardiaque et que vous devez prendre des statines, comment pouvez-vous être confiant ? dit Piper. Si [l'entreprise] peut prédire à quoi ressemble le client, c'est une vérité fondamentale pour la confiance.

Caractéristiques de devinettes

En génétique, des traits comme la couleur de vos yeux ou votre taux de cholestérol sont appelés phénotypes. Ces phénotypes sont déterminés, à un degré plus ou moins grand, par votre ADN ou génotype particulier.

C'est pourquoi l'identification du visage de quelqu'un à partir de son ADN n'est pas seulement théoriquement possible, mais probablement possible dans quelques années, explique Mark Shriver, qui travaille sur la prédiction des gènes à face au département d'anthropologie de Penn State. Je pense que c'est dans notre avenir à coup sûr, dit-il.

Cependant, les scientifiques ont encore du travail à faire pour savoir exactement comment, disons, votre ADN influence la longueur de votre nez ou la largeur de votre bouche, ou le timbre de votre voix. Shriver pense que l'article de Venter n'a pas ajouté grand-chose à ce qui peut déjà être prédit en utilisant les tests ADN existants qui mesurent votre composition ethnique et votre sexe.

L'appeler prédire à partir du génome est ce qui ne va pas, dit Shriver. Le message principal est bien exagéré. Ils n'avaient tout simplement pas assez de personnes pour trouver les gènes qui distinguent les gens. Ce n'est pas le document qui va convaincre les gens que cela va affecter la vie privée ou aider la médecine légale.

Confidentialité

Depuis sa création en 2013, Human Longevity a perdu ou licencié plusieurs employés. La moitié des auteurs du nouveau journal, par exemple, ne travaillent plus dans l'entreprise. Och, la star de Google, a décampé après un court laps de temps pour la startup de tests sanguins GrailBio. Sont également partis son ancien scientifique en chef et directeur de l'information.

Un porte-parole de Human Longevity a déclaré qu'un tel roulement était normal. En réponse à des questions sur son article, la société a publié mardi une déclaration notant que son ensemble de données, basé sur 1 061 personnes, n'était pas extrêmement volumineux et que des cohortes plus importantes seraient nécessaires pour faire des prédictions et des identifications beaucoup plus précises.

Dans sa déclaration, cependant, la société a réaffirmé son affirmation contestée : si vous avez un génome du domaine public, les chercheurs peuvent générer une image de cet individu, identifiant ainsi cette personne.

Le journal de Venter n'a pas eu du mal à trouver un éditeur. Shriver dit qu'il a agi en tant que critique de l'article pour La science , la principale revue scientifique américaine, où elle a été examinée deux fois et finalement rejetée. Il a plutôt été publié lundi dans le Actes de l'Académie nationale des sciences .

Lors de la couverture médiatique de son résultat, Venter a également critiqué certains scientifiques en utilisant la prédiction faciale pour affirmer que les données génomiques, en particulier les données publiques, présentent un nouveau risque sérieux pour la vie privée. À savoir, si quelqu'un avait accès à votre génome anonymisé, il pourrait être en mesure de le lier à vous en générant une photographie.

J'ai toujours dit aux gens que votre génome est plus que tous les autres chiffres de votre vie qui vous identifient : votre numéro de carte de crédit, votre date de naissance, votre adresse, votre numéro de sécurité sociale, a déclaré Venter au San Diego Union-Tribune .

Cet argument de confidentialité pourrait cependant être considéré comme intéressé, puisque le point de vue de Venter est que les bases de données privées, comme la sienne, sont plus susceptibles d'offrir les protections nécessaires.

Piper, l'ancien employé de Human Longevity, dit qu'il a décidé de parler du journal parce qu'il n'est pas d'accord avec l'argument de Venter en matière de confidentialité. La confidentialité de la génomique est importante. Mais ce n'est pas ainsi qu'il faut l'aborder. Ce n'est pas que nous ne pouvons pas partager. C'est comment partager sans peur, dit Piper. Je ne suis pas d'accord avec le message général du document.

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