Trois questions à J. Craig Venter

Le scientifique et entrepreneur en génomes J. Craig Venter est surtout connu pour avoir été la première personne à séquencer son propre génome, en 2001.

Cette année, il a lancé une nouvelle entreprise, Human Longevity, qui a l'intention de séquencer un million de génomes humains d'ici 2020 et, à terme, de proposer des programmes Web pour aider les gens à stocker et à comprendre leurs données génétiques (voir Microbes and Metabolites Fuel an Ambitious Aging Project ) .

J. Craig Venter

Venter dit qu'il a séquencé les génomes de 500 personnes jusqu'à présent, et que les volontaires commencent également à subir une batterie de tests mesurant leur force, la taille de leur cerveau, la quantité de sang que leur cœur pompe et, dit Venter, à peu près tout ce qui peut être mesuré. une personne, sans les ouvrir. Ces informations seront introduites dans une base de données qui pourra être utilisée pour découvrir les liens entre les gènes et ces traits, ainsi que les maladies.

Mais cela va nécessiter une analyse massive des données. Pour acquérir ces compétences, Venter a recruté François Och , le spécialiste de l'apprentissage automatique à la tête de Google Traduction. Maintenant, Och appliquera des méthodes similaires à l'étude des génomes dans un magasin de science des données et de logiciels que Venter est en train d'établir à Mountain View, en Californie.

La location intervient juste au moment où Google lui-même a lancé un effort similaire pour commencer à collecter des données biomédicales (voir What’s a Moon Shot Worth These Days ). Venter appelle les plans de Google pour une base de données biomédicale un petit pas, une version beaucoup plus petite de ce que nous faisons.

Ce qui est clair, c'est que la recherche sur le génome et la science des données se rejoignent de nouvelles façons, et à une échelle beaucoup plus grande que jamais. Nous avons demandé à Venter pourquoi.

Où en sommes-nous en génomique?

À mon avis, il n'y a pas eu un nombre significatif d'avancées. L'une des raisons en est que la génomique suit une loi des très grands nombres. J'ai mon génome depuis 15 ans, et je ne peux pas apprendre grand-chose car il n'y a pas beaucoup d'autres avec qui le comparer.

Pourquoi avez-vous embauché un expert en traduction automatique comme votre meilleur data scientist ?

Jusqu'à présent, il n'existait pas de logiciel permettant de comparer mon génome à votre génome, encore moins à un million de génomes. Nous voulons arriver à un point où il faut quelques secondes pour comparer votre génome à tous les autres. Il va falloir beaucoup de travail pour le faire.

Google Translate a commencé comme un algorithme lent qui prenait des heures ou des jours à s'exécuter et n'était pas très précis. Mais Franz [Och] a construit une version d'apprentissage automatique qui pouvait sortir sur le Web et trouver chaque article traduit de l'allemand vers l'anglais ou vice versa, et en tirer des leçons. Et puis il a été optimisé, donc ça marche en quelques millisecondes.

J'ai convaincu Franz, et il s'est convaincu lui-même, que comprendre le génome humain à l'échelle à laquelle nous essayons de le faire sera l'un des plus grands défis de traduction de l'histoire.

En quoi la découverte du lien entre les gènes et la maladie ressemble-t-elle à la traduction de langues ?

Tout dans une cellule dérive de votre code ADN, toutes les protéines, leur structure, qu'elles durent quelques secondes ou jours. Tout cela est préprogrammé en langage ADN. Ensuite, cela se traduit dans la vie. Les gens vont être très surpris de voir à quel point nous appartenons à une espèce de logiciel ADN.

cacher