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Votre génome, à la demande
Comment votre profil génétique détaillé peut prédire votre risque de maladies et améliorer votre santé.
23 octobre 2018
Illustration photo d'un visage de poupée rempli de perles colorées contenant chacune une lettre d'un nucléotide. Une perle noire non marquée apparaît dans une pince à épiler au-dessus du visage. Nicolas Ortega
Début 2018, on estimait que plus de 12 millions de personnes avaient fait analyser leur ADN par un test génétique direct au consommateur. Quelques mois plus tard, ce nombre était passé à 17 millions. Pendant ce temps, les généticiens et les scientifiques des données ont amélioré notre capacité à convertir les données génétiques en informations utiles, en prévoyant quelles personnes courent le triple du risque moyen de crise cardiaque ou en identifiant les femmes à haut risque de cancer du sein même si elles n'en ont pas. une histoire familiale ou un BRCA Mutation génétique. Des progrès parallèles ont radicalement changé la façon dont nous recherchons et donnons un sens aux volumes de données, tandis que les smartphones poursuivent leur marche incessante pour devenir le portail de facto par lequel nous accédons aux données et prenons des décisions éclairées.
Pris ensemble, ces éléments transformeront la façon dont nous acquérons et utilisons les informations génétiques personnelles. Au lieu de subir des tests de manière réactive, sur ordre d'un médecin, les gens utiliseront les données de manière proactive pour les aider à prendre des décisions concernant leur propre santé.
Cette histoire faisait partie de notre numéro de novembre 2018
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À quelques exceptions près, les tests génétiques utilisés aujourd'hui ne détectent que des formes rares de maladies. Les tests identifient des variantes rares dans un seul gène qui cause la maladie.
Mais la plupart des maladies ne sont pas causées par des variantes d'un seul gène. Souvent, une centaine de changements ou plus dans les lettres génétiques indiquent collectivement le risque de maladies courantes comme la crise cardiaque, le diabète ou le cancer de la prostate. Les tests pour ces types de changements sont récemment devenus possibles, et ils produisent ce que l'on appelle votre score de risque polygénique. Les scores de risque polygénique sont dérivés de la combinaison de ces variantes, héritées de votre mère et de votre père, et peuvent indiquer un risque qui ne se manifeste pas dans les antécédents familiaux de l'un ou l'autre des parents. Nous avons appris des études de nombreux scores de risque polygéniques pour différentes maladies qu'ils fournissent des informations que nous ne pouvons pas obtenir des facteurs de risque traditionnels et connus tels que le tabagisme ou l'hypercholestérolémie (en cas de crise cardiaque). Votre score polygénique ne représente pas un destin inévitable - de nombreuses personnes qui vivent dans les années 80 et 90 peuvent présenter le risque d'une maladie sans jamais l'attraper. Pourtant, ces scores pourraient changer notre façon de voir certaines maladies et nous aider à comprendre notre risque de les contracter.
Un score de risque polygénique peut vous indiquer que vous êtes à haut risque de cancer du sein et vous inciter à subir un dépistage plus intensif.
Les tests génétiques pour les formes rares de maladies causées par un seul gène donnent généralement un simple oui ou non. Les scores de risque polygénique, en revanche, se situent sur un spectre de probabilité allant d'un risque très faible à un risque très élevé. Puisqu'ils sont dérivés de combinaisons de changements de lettres du génome qui sont courants dans la population générale, ils sont pertinents pour tout le monde. La question est de savoir si nous trouverons un moyen de faire bon usage des informations que nous recevons d'eux. Peuvent-ils nous informer des changements apportés à notre mode de vie, ou indiquer des médicaments que nous devrions prendre ou un test de dépistage que nous devrions passer, qui pourraient améliorer nos chances de rester en bonne santé ?
Les statines sont une bonne étude de cas pour cela. Ils sont largement utilisés, même si 95% des personnes qui les prennent et qui n'ont pas eu de maladie cardiaque ou d'accident vasculaire cérébral ne tirent aucun avantage en dehors d'un bon test de laboratoire sur le cholestérol. Nous pouvons utiliser un score de risque polygénique pour réduire l'utilisation inutile de statines, qui non seulement est coûteuse, mais comporte également des risques pour la santé tels que le diabète. Nous savons que si vous faites partie des 20 % de risque polygénique supérieur de crise cardiaque, vous êtes plus de deux fois plus susceptible de bénéficier des statines que les personnes des 20 % inférieurs ; ces personnes peuvent également grandement bénéficier d'une amélioration de leur mode de vie (arrêter de fumer, faire plus d'exercice, manger plus de légumes). Donc, connaître votre risque polygénique peut vous amener à prendre des statines, mais aussi à modifier votre mode de vie. (Et une récente étude à grande échelle en Finlande a montré que les personnes ayant des scores de risque cardiaque élevés réagissaient avec des améliorations de leur mode de vie à un taux beaucoup plus élevé que celles ayant des scores de risque faibles.)
Et il ne s'agit pas seulement de maladies cardiaques. Un score de risque polygénique peut vous indiquer que vous présentez un risque élevé de cancer du sein et vous inciter à subir un dépistage plus intensif et à éviter certains risques liés au mode de vie. Cela pourrait vous dire que vous êtes à haut risque de cancer du côlon et que vous devriez donc éviter de manger de la viande rouge. Cela pourrait vous dire que vous êtes à haut risque de diabète de type 2 et que vous devriez donc surveiller votre poids.
Pourtant, malgré les preuves croissantes que les scores de risque polygénique sont importants, jusqu'à récemment, il n'existait aucun service permettant aux gens de déterminer leurs propres scores, même s'ils avaient investi dans leur propre profil génétique personnel directement au consommateur. Nous essayons d'y remédier en développant MyGeneRank, une application mobile gratuite qui estime le risque polygénique de crise cardiaque et d'accident vasculaire cérébral des utilisateurs à partir de leurs propres données génétiques. Cela leur permet également de participer à un essai clinique pour mesurer l'influence des informations sur le risque polygénique sur le comportement des personnes, telles que rapportées par elles, et leurs données de santé, capturées par des capteurs mobiles reliés à leurs smartphones.
Il y a encore des problèmes et des controverses auxquels nous devons faire face. L'égalité d'accès est une préoccupation majeure, d'autant plus que la majorité des études génétiques ont été réalisées dans des populations d'ascendance européenne. Pour l'instant, il semble que plus les prédictions deviennent puissantes, moins elles deviennent précises avec d'autres populations.
De plus, les informations sur les risques génétiques sont susceptibles de rendre certaines personnes anxieuses ou fatalistes (ou peuvent donner à d'autres un faux sentiment de sécurité). Des études antérieures suggèrent que les informations sur le risque génétique ont une influence minime sur ces états psychologiques, mais bon nombre de ces études ont été réalisées lorsque les variations de risque que vous pourriez obtenir via des facteurs polygéniques étaient marginales. Au fur et à mesure que notre capacité à séparer les gens en classes de risques génétiques de plus en plus différentes s'améliore, ces problèmes peuvent devenir plus importants.
Un autre défi sera de convaincre les gens de renoncer ou de retarder les interventions médicales s'ils présentent un faible risque d'une certaine condition. Cela les obligera à convenir qu'il vaut mieux accepter un très faible risque d'issue catastrophique plutôt que de s'exposer inutilement à un traitement médical qui comporte ses propres risques. Les gens ont tendance à surestimer la probabilité d'événements catastrophiques, donc si les scores polygéniques doivent atteindre leur plein impact sur les résultats de santé et les dépenses de santé, nous devrons trouver un moyen de communiquer efficacement ces compromis.
Et enfin, il y a les problèmes de confidentialité. Nous devons maintenir nos protections actuelles contre la discrimination génétique afin que les gens puissent bénéficier de leurs propres informations génétiques sans avoir à craindre que les compagnies d'assurance aient accès à ces informations et les utilisent pour augmenter leurs tarifs ou refuser la couverture.
Vous ne pouvez pas modifier votre risque génétique. Mais vous pouvez utiliser des interventions médicales et liées au mode de vie pour compenser ce risque. Nous pouvons accélérer le dépistage du cancer du sein chez les femmes présentant un risque élevé de contracter la maladie et aider les personnes présentant un risque limite de maladie cardiaque à décider de prendre ou non des statines. Si nous fournissons et suivons la réponse aux informations sur les risques polygéniques, nous pouvons collecter des preuves concrètes sur la manière d'optimiser l'utilisation de ces données pour donner des conseils de santé sûrs et efficaces.
Dans un avenir proche, votre smartphone pourrait être doté de technologies qui surveillent vos caractéristiques physiologiques, génétiques, environnementales et comportementales. Et ces informations pourraient être liées à des coachs médicaux virtuels et à des systèmes d'IA qui peuvent synthétiser toutes ces informations et vous fournir des informations sur votre propre santé, à la demande.
Ali Torkamani est directeur de l'informatique génomique au Scripps Research Translational Institute. Eric Topol est cardiologue et auteur de livres dont le prochain Médecine profonde : comment l'intelligence artificielle peut rendre les soins de santé humains à nouveau.