Une startup utilise le cloud pour démêler l'ADN

Depuis l'achèvement du projet du génome humain en 2003, une série d'avancées technologiques ont rendu plus rapide et moins coûteux le séquençage d'un génome humain. Mais il reste un gros problème : que faites-vous de toutes ces données une fois que vous les avez décryptées ?

Analyste ADN : Andreas Sundquist a cofondé DNAnexus, une entreprise qui utilise le cloud computing pour analyser l'ADN séquencé.

Pour Andreas Sundquist, la réponse est de l'envoyer dans le cloud. Sundquist est le PDG et cofondateur de ADNnexus , une startup de logiciels qui se positionne entre les installations de séquençage de l'ADN et ceux qui ont besoin de gérer et de glaner des informations à partir des génomes séquencés, notamment des chercheurs universitaires, des médecins et des sociétés biotechnologiques et pharmaceutiques.

Plus vous produisez de données plus rapidement et à moindre coût, plus le goulot d'étranglement – ​​qui était auparavant le séquençage de l'ADN lui-même – est en fait désormais la gestion des données, dit-il.

Sundquist considère son entreprise comme un centre de génomique en ligne instantané, offrant aux clients un accès immédiat à de vastes magasins de données ADN et à des outils d'analyse afin qu'ils puissent tout comprendre et potentiellement proposer de meilleurs traitements pour le cancer et les maladies génétiques, ainsi que identifier les liens génétiques avec des maladies comme l'autisme et l'alcoolisme.

Voici comment cela fonctionne : les données de votre laboratoire sont téléchargées sur DNAnexus via un navigateur Web ou envoyées via une machine de séquençage d'ADN connectée à Internet. Il se trouve ensuite dans votre compte basé sur le cloud (la société utilise les services cloud d'Amazon et de Google). Vous vous connectez au compte sur votre ordinateur pour voir les données et utilisez les outils de DNAnexus pour les analyser.

À terme, Sundquist espère que DNAnexus rassemblera de nombreuses bases de données génétiques différentes (qui pour l'instant ont tendance à exister seules, sans être liées aux autres), en aidant les efforts de recherche, les découvertes de médicaments et la création de tests de diagnostic ciblant les médicaments.

Et Sundquist s'attend à ce que le marché des services de DNAnexus, basé à Mountain View, en Californie, connaisse une croissance spectaculaire. Il estime qu'environ 20 000 génomes complets ont déjà été séquencés dans le monde, et prédit que ce chiffre passera à un million dans plusieurs années à mesure que le prix et le temps requis continueront de baisser (à l'heure actuelle, il estime que le processus prend environ une journée et coûte environ 4 000 $) . Toutes ces données représenteront plus d'un exaoctet de données – un milliard de gigaoctets – et des centaines de milliers d'unités centrales de traitement seront nécessaires pour tout analyser, estime-t-il.

DNAnexus n'est pas la seule entreprise à parier sur cette croissance. David Dooling , directeur adjoint du Genome Institute de l'Université de Washington à St. Louis, souligne que plusieurs autres sociétés proposent également des services d'analyse d'ADN basés sur le cloud, notamment Éclairer .

Je pense que c'est certainement une bonne chose qu'il y ait des gens qui essaient de rendre l'analyse plus accessible à une communauté plus large, dit Dooling. Je pense que c'est une proposition de valeur difficile dans la mesure où beaucoup de gens essaient de le faire maintenant.

Si les attentes de Sundquist se réalisent, il y aura beaucoup de travail à faire. Il s'attend à ce que dans les trois prochaines années, des millions de génomes soient séquencés. Dans 10 ans, pense-t-il, tout le monde dans le monde développé verra son génome séquencé dans le cadre de son dossier médical, et de nombreux enfants verront leur génome séquencé à leur naissance.

Un jour bientôt, lorsque vous irez au laboratoire et que vous ferez un test, certains de ces tests seront essentiellement des logiciels qui fonctionnent sur le génome qui fait déjà partie de votre dossier, dit-il.

Cela ne veut pas dire que nous allons bientôt tous nous arracher un cheveu ou nous éponger une joue et l'envoyer à un laboratoire pour que nos génomes soient séquencés. Dans la vision de l'avenir de Sundquist, ce sera encore plus facile que cela. Je pense que vous allez probablement mettre votre pouce dans votre téléphone portable et il sera intégré, dit-il en souriant. Je suis sûr que l'iPhone 10 aura un module de séquençage d'ADN.

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