Un atlas du cancer pour prédire comment les patients s'en sortiront

Comprendre les changements génétiques dans les tumeurs qui distinguent les cancers les plus mortels des plus bénins pourrait aider les médecins à mieux traiter les patients.

Aujourd'hui, des chercheurs suédois lancent une nouvelle catalogue en libre accès qui cartographie bon nombre de ces changements génétiques. Cet atlas relie des milliers de gènes spécifiques impliqués dans de nombreux cancers à la survie des patients et révèle également de nouvelles cibles potentielles de médicaments.

Le nouvel atlas est l’un des nombreux efforts en cours pour donner un sens aux données collectées par des bases de données publiques – comme l’Atlas du génome du cancer du National Cancer Institute – qui servent de référentiels pour les échantillons de tumeurs. L'objectif est de glaner des informations pratiques, comme des marqueurs de maladie, qui peuvent être utilisées pour développer des médicaments et des diagnostics contre le cancer.

Pour générer l'atlas, des chercheurs dirigés par Mathias Uhlén, professeur de microbiologie à l'Institut royal de technologie de Suède, ont utilisé un superordinateur pour analyser 17 principaux types de cancers humains à partir de près de 8 000 échantillons de tumeurs. Uhlén dit que son équipe recherchait des changements holistiques à travers le génome causés par ces mutations.

Ils ont ensuite cartographié tous les gènes trouvés dans ces cellules cancéreuses pour découvrir comment les protéines fabriquées par ces gènes affectent la survie des patients. Les gènes portent des instructions pour fabriquer des protéines, et le niveau d'expression des gènes augmente ou diminue la quantité de protéines fabriquées par les gènes. Ces protéines résultantes peuvent considérablement influencer les processus biologiques comme le cancer.

Les chercheurs ont observé que les niveaux de protéines dans différents cancers variaient considérablement, renforçant la nécessité d'un traitement personnalisé du cancer basé sur les caractéristiques uniques de la tumeur d'un patient, disent-ils.

Les chercheurs ont découvert que plus de 2 000 gènes avaient des effets variables sur la survie d'un patient en fonction du type de cancer et de l'emplacement de la tumeur dans le corps. Dans certains cas, les gènes qui étaient plus fortement exprimés étaient associés à de meilleurs résultats pour les patients, et d'autres prédisaient de moins bonnes perspectives pour les patients. Les résultats sont détaillés aujourd'hui dans la revue La science .

Uhlén et son équipe ont identifié un autre ensemble de plus de 2 000 gènes qui pourraient potentiellement tuer la croissance tumorale, mais affirme qu'affecter la plupart de ces cibles avec des médicaments aurait probablement des effets secondaires graves pour les patients. Parmi ceux-ci, ils prédisent que 32 gènes trouvés dans plus de 80% des tumeurs, quel que soit le type de cancer, représentent des cibles médicamenteuses.

Auparavant, les chercheurs se sont concentrés sur l'utilisation du séquençage de l'ADN pour identifier les mutations génétiques impliquées dans le cancer. Pour créer ce nouvel atlas, les scientifiques ont utilisé le séquençage d'ARN pour comprendre comment les gènes changent lorsqu'ils sont touchés par le cancer.

John Leite, vice-président de l'oncologie de la société de séquençage génétique Illumina, affirme que de nombreuses informations biologiques seront nécessaires pour comprendre les mécanismes sous-jacents à l'origine de la formation du cancer et, en fin de compte, permettre aux chercheurs et aux médecins de prédire les meilleures options thérapeutiques pour les patients. C'est là que ce nouvel atlas pourrait aider.

Nicolas Robine, directeur adjoint de la biologie computationnelle au New York Genome Center, affirme que l'atlas sera une ressource utile pour les chercheurs, mais a déclaré qu'il ne peut pas fournir de réponse définitive et automatisée aux médecins qui se demandent comment le cancer d'un patient va progresser. Ce n'est pas comme si vous branchez votre profil d'expression et qu'il vous indique si vous avez un résultat meilleur ou pire.

L'atlas fait partie d'un programme suédois lancé en 2003 dans le but de cartographier toutes les protéines humaines fabriquées par les quelque 20 000 gènes ou plus du corps.

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