Pour un bébé, la vie commence avec le génome révélé

Un bébé né la semaine dernière en Californie semble être la première personne en bonne santé jamais née aux États-Unis avec toute sa constitution génétique déchiffrée à l'avance.

Son père, Razib Khan, est un étudiant diplômé et blogueur professionnel sur la génétique. bébé à naître au cours du deuxième trimestre.

Nous avons fait une solution de contournement, dit Khan, 37 ans, qui termine actuellement un doctorat en génétique des populations félines à l'Université de Californie à Davis. Il n'y a pas de carte pour le faire, et il n'y a pas de liste de contrôle.

L'idée de séquencer les fœtus est extrêmement nouvelle et sensible. Khan, qui n'avait aucune raison médicale réelle d'apprendre le code ADN de son fils, dit que le séquençage de son fils in utero était plus cool que pratique. Il l'a fait pour montrer où va la technologie et parce qu'il aime repousser les limites.

Khan est déjà bien connu dans les cercles de la génétique en tant que blogueur conservateur qui publie des opinions provocatrices sur la génétique, la race et la reproduction, le plus récemment au Notre avis , et a également critiqué la réglementation gouvernementale des tests ADN. Parmi ses prédictions les plus fréquentes ces dernières années : le séquençage des fœtus deviendra bientôt une routine, qu'on le veuille ou non. L'avenir est là, gérez-le, écrivait-il sur son blog en mai.

Le séquençage de l'ADN est devenu si simple et bon marché que son utilisation de routine pendant la grossesse, comme moyen d'avoir une vue d'ensemble de la santé du fœtus, commence à sembler inévitable. Dans cinq ans, nous proposerons le séquençage [du génome] pour toutes les grossesses de routine au cours du premier trimestre, prédit Art Beaudet, président de la génétique moléculaire au Baylor College of Medicine. Il dit que Baylor élabore des plans pour commencer à offrir ce qu'on appelle le séquençage de l'exome, ou le décodage des parties clés du génome, pendant la grossesse pour certains couples.

Ce qui n'est toujours pas réglé, c'est l'éthique du séquençage prénatal ou la question de savoir qui contrôle les données. En fait, ce débat a à peine commencé. C'est une idée tellement nouvelle que l'American College of Medical Genetics and Genomics, qui établit des lignes directrices pour les généticiens médicaux, n'a toujours pas de position là-dessus, a déclaré Diana Bianchi, directrice exécutive du Mother Infant Research Institute de l'Université Tufts.

Le problème est trop d'informations. Contrairement à un test ciblé, par exemple un examen de laboratoire pour une seule affection, le séquençage du génome révèle chaque gène. En effet, il fournit un test pour plus de 3 000 troubles héréditaires ainsi que des informations sur les gènes associés à des risques plus élevés de développer certains troubles. Par exemple, une mutation dans un gène, connue sous le nom de APOE , prédit fortement la probabilité qu'une personne développe la maladie d'Alzheimer à un âge avancé. À l'heure actuelle, cependant, de nombreux médecins restent opposés à la réalisation de tests génétiques prédictifs sur les enfants pour des maladies qui ne surviennent qu'à l'âge adulte.

Déterminé par l'ADN : Razib Khan tient dans ses bras son bébé, né début juin en Californie.

La collecte de telles informations sur les fœtus in utero est encore plus controversée. C'est parce que la découverte d'une mauvaise mutation pourrait conduire les parents à une action irrévocable telle qu'un avortement, explique Bianchi. Pourtant, l'ADN n'est pas toujours le destin - parfois une personne a un défaut génétique mais aucun symptôme.

Tout cela rend les médecins réticents à se plonger dans l'ADN d'un fœtus sans raison valable. Khan dit qu'il a rencontré la résistance du conseiller génétique de sa famille et des laboratoires de test. Ils ont essayé de nous décourager. Comme : « Pourquoi voudriez-vous le faire ? Il n'y a pas de protocoles. Il n'y a pas de raisons », dit-il. Ils ne veulent pas que les nourrissons naissent séquencés.

Plusieurs experts contactés par AVEC Revue de technologie, y compris Beaudet et Bianchi, ne pouvait pointer vers un seul rapport publié ( ici ) d'un enfant né avec son génome déjà décodé. Cette affaire, en 2012, concernait un bébé qui souffrait de graves problèmes génétiques et n'a survécu que 10 jours. Des chercheurs du Massachusetts General Hospital, où la recherche a été effectuée, disent qu'ils ont depuis séquencé environ cinq autres fœtus, mais uniquement dans le cadre d'études de recherche médicale sur les anomalies. Des scientifiques chinois affirment également avoir obtenu des ébauches de séquences à partir d'embryons de FIV, qui ont été menés à terme , bien que les détails de leur procédure ne soient pas clairs.

Je suppose que quelques personnes l'ont peut-être déjà fait en privé, explique Jay Shendure, expert en génomique fœtale à l'Université de Washington. Mais c'est le seul cas où quelqu'un en parle publiquement. Je pense que ça va devenir beaucoup plus courant.

La raison en est, dit Shendure, que le coût de la collecte de données ADN est en chute libre : décoder les six milliards de lettres du génome d'une personne ne coûte désormais que quelques milliers de dollars. D'autres tests qui fournissent une carte grossière de la constitution génétique d'une personne, appelés génotype, ne coûtent que 99 $. Cela signifie que de plus en plus de personnes explorent l'ADN - et pour des raisons que les médecins peuvent ne pas toujours accepter ou être en mesure de contrôler.

Les tensions réglementaires se sont accrues quant à savoir qui interprète les données génétiques. L'année dernière, la Food and Drug Administration des États-Unis a interdit à la société de génétique 23andMe, qui est soutenue par Google, de commercialiser son test de génotype direct au consommateur à 99 $, affirmant qu'elle faisait des allégations de santé non prouvées en disant aux gens ce que la science dit sur leurs gènes. Désormais, les consommateurs qui veulent ce genre d'informations sur eux-mêmes ne peuvent pas les obtenir facilement à moins qu'un médecin ne soit impliqué.

Sur son blog, Khan a qualifié l'accès aux données ADN de droit que le gouvernement et les médecins tentent de supprimer. Si la médecine insiste pour bloquer l'accès aux données génétiques, a-t-il averti en 2011, les consommateurs pourraient être contraints de générer eux-mêmes les données, peut-être en achetant machines de séquençage utilisées et les faire fonctionner à domicile ou dans des laboratoires partagés . Comment le gouvernement ose-t-il remettre en question votre droit de connaître les éléments génétiques de base de qui vous êtes, a-t-il écrit.

Khan était déterminé à se renseigner à l'avance sur le génome de son enfant depuis que sa femme est tombée enceinte l'année dernière. Pour ce faire, il avait besoin d'un échantillon de l'ADN du bébé en pleine croissance. La saisir n'a pas été facile. Lui et sa femme ont décidé de subir un test appelé CVS, dans lequel une biopsie de tissu a été prélevée sur son placenta, qui partage l'ADN du fœtus. Son médecin l'a envoyé à un laboratoire appelé Signature Genomics, à Spokane, Washington, pour un test standard qui recherche les chromosomes manquants, en double ou cassés.

Le test est revenu normal. Mais Khan voulait plus d'informations. Il a demandé les données brutes. Lorsque Signature a refusé, il a commencé à harceler l'entreprise pour qu'elle envoie ce qui restait de l'échantillon à son laboratoire de Davis. Ils ne voulaient pas le rendre, dit-il. Personne ne savait vraiment comment s'y prendre. J'ai réalisé que je suis seul ici.

En fait, Signature renvoie régulièrement des échantillons aux médecins pour des tests supplémentaires, explique Britt Ravnan, l'un des directeurs du laboratoire de l'entreprise. Ce qui était inhabituel dans ce cas, c'est que ce n'était pas la patiente ou le médecin qui demandait l'échantillon, mais le mari de la patiente, dit-elle. La signature a conservé l'échantillon jusqu'à ce que Khan finisse par demander à sa femme et à ses médecins de remplir les bons documents. Ensuite, il lui a envoyé l'ADN du bébé en Californie. Une fois qu'il quitte notre bâtiment, ce n'est pas à nous de décider ce que le patient en fait, explique Ravnan.

Ravnan, spécialiste de l'analyse chromosomique, dit qu'elle est absolument sympathique au souhait de Khan d'en savoir plus sur son fils. C'est son droit - ce sont ses informations, les informations de son fœtus, et vous ne voulez pas être paternaliste à ce sujet, dit-elle. D'un autre côté, prévient-elle, les tests ADN dans un laboratoire universitaire pourraient facilement générer des résultats trompeurs. Je crains un peu que sans beaucoup d'expérience dans l'interprétation des données de séquence sur une base clinique, il puisse surinterpréter ou mal interpréter les choses, dit-elle.

Lorsque Khan a obtenu l'ADN plus tôt cette année, il aurait pu commander des tests simples pour des gènes spécifiques qui l'intéressaient. Mais pourquoi ne pas récupérer toutes les données ? À ce stade, j'ai réalisé qu'il était tout simplement plus facile de faire tout le génome, dit-il. Khan a donc demandé à un collègue de laboratoire de placer le matériel génétique de son fils dans un emplacement libre dans une machine de séquençage à grande vitesse utilisée pour étudier l'ADN de diverses espèces animales. Ce sont principalement des métazoaires, des poissons et des plantes. Il n'était qu'un des échantillons là-dedans, dit-il.

Les données brutes occupaient environ 43 gigaoctets d'espace disque, et Khan s'est mis au travail pour les organiser et les interpréter. Il l'a fait en utilisant un logiciel en ligne gratuit appelé Promethease, qui analyse les données ADN pour créer des rapports, en notant les variantes génétiques d'intérêt et leur signification médicale. Je l'ai fait passer par Promethease et j'ai obtenu 7 000 résultats, dit Khan.

Promethease fait partie d'une nouvelle boîte à outils de bricolage pour les personnes désireuses d'explorer l'ADN sans ordonnance. Ce n'est pas facile à utiliser, mais c'est devenu une alternative depuis que la FDA a réprimé 23andMe. Pour se connecter, un utilisateur doit cliquer sur plusieurs avertissements, dont un qui met en garde de ne pas prendre de décisions en matière de reproduction sans médecin.

En explorant le génome de son fils plusieurs mois avant sa naissance, Khan a trouvé peu de surprises. C'est juste un enfant ordinaire. C'est surtout assez ennuyeux. Alors c'est bien, dit-il.

Khan s'excuse peu d'avoir contourné les gardiens ou d'avoir pris des décisions au nom de son fils. Il dit : Notre attitude est que vous prenez beaucoup de décisions pour vos enfants, y compris celles qui peuvent sembler sommaires avec le recul.

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