Ne laissez pas delta plus vous confondre. La variété n'a pas appris de nouvelles astuces.

Mayank Makhija/NurPhoto via AP

Si vous avez été préoccupé par les récents reportages sur une souche de covid appelée delta plus, cela peut vous effrayer d'apprendre que les scientifiques viennent d'élargir la famille delta de quatre variantes à 13.

S'il vous plaît, respirez profondément. Les scientifiques aimeraient vraiment que vous compreniez qu'il n'y a aucune preuve que delta ait appris de nouvelles astuces, et ces nouveaux noms sont destinés à aider à suivre l'évolution de covid, et non neuf nouvelles raisons de paniquer. Et de nombreux chercheurs espèrent aussi vraiment, vraiment que vous arrêterez de dire delta plus.

Le nom 'delta plus' est complètement incorrect, car il donne l'impression que cela causera plus de dégâts, explique Anderson Brito, membre du Pango Lineage Designation Committee, qui attribue des noms scientifiques comme B.1.1.7 aux nouvelles branches du virus. Jusqu'à présent, nous n'avons aucune preuve que l'une des mutations affecte le comportement par rapport à la variante delta d'origine.

Il pourrait être utile de considérer le covid comme un arbre. Delta est comme une branche épaisse sur cet arbre - une grande famille de virus qui partagent un ancêtre commun et certaines des mêmes mutations, ce qui les a permis de se propager plus rapidement entre les personnes. Lorsque la grosse branche pousse de nouvelles brindilles, ce qui arrive tout le temps, les scientifiques suivent en utilisant des noms techniques qui incluent des chiffres et des lettres. Mais un nouveau nom scientifique ne signifie pas que ces virus agiront différemment de la branche dont ils sont issus - et si l'une de ces nouvelles branches commence à changer de comportement, elle reçoit une nouvelle lettre grecque, pas un plus.

(C'est maintenant le bon moment pour noter que si certaines des mutations de delta le rendent plus transmissible, les vaccins sont toujours très efficaces pour prévenir les maladies graves de toutes les souches connues de covid.)

Qu'est-ce qu'il y a dans un nom?

Cette confusion de dénomination découle principalement de la façon dont les journalistes (et leurs sources scientifiques) ont mélangé deux systèmes couramment utilisés pour suivre l'évolution du covid, malgré le fait que les approches ont des stratégies et des objectifs très différents.

Le système alphanumérique qui a donné son nom scientifique à la première variante delta - B.1.617.2 - s'appelle Pango . Il est destiné aux chercheurs qui suivent de petits changements génétiques au virus. Cela ne détermine pas si les nouvelles lignées agissent différemment chez les gens, mais simplement si elles sont différentes au niveau moléculaire. Il existe actuellement plus de 1 300 lignées Pango, dont 13 sont considérées comme faisant partie de la famille delta.

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Le nom delta, quant à lui, vient du système de l'OMS, qui vise à simplifier la génomique pour le grand public. Il donne des noms aux échantillons de covid liés s'il pense qu'ils peuvent présenter un intérêt particulier. Il y a actuellement huit familles avec des lettres grecques, mais jusqu'à ce qu'il y ait des preuves qu'une nouvelle sous-lignée de la première souche delta agit différemment de ses parents, l'OMS les considère toutes comme des delta.

Delta plus prend la désignation OMS et la mélange avec les informations de lignée de Pango. Cela ne signifie pas que le virus est plus dangereux ou plus préoccupant.

Les gens deviennent très anxieux lorsqu'ils voient un nouveau nom Pango. Mais il ne faut pas être bouleversé par la découverte de nouvelles variantes. Tout le temps, nous voyons apparaître de nouvelles variantes sans aucun comportement différent, explique Brito. Si nous avons la preuve qu'une nouvelle lignée est plus menaçante, l'OMS lui donnera un nouveau nom.

Suivi de l'évolution

Pour un scientifique en génomique comme moi, je veux savoir quelles variations nous observons, déclare Kelsey Florek, scientifique principale en génomique et en données pour le laboratoire de santé publique de l'État du Wisconsin. Pour le grand public, cela ne change pas grand-chose. Les classer tous comme delta est suffisant pour communiquer avec les décideurs politiques, la santé publique et le public.

Fondamentalement, l'évolution virale fonctionne comme n'importe quel autre type. Au fur et à mesure que le virus se propage dans le corps, il fait des copies de lui-même, qui comportent souvent de petites erreurs et modifications. La plupart d'entre eux sont des impasses, mais parfois, une copie avec une erreur se reproduit suffisamment à l'intérieur d'une personne pour se propager à quelqu'un d'autre.

Cette semaine, les scientifiques ont divisé les 'enfants' du delta en 12 familles afin de mieux suivre les changements locaux à petite échelle. Rien de tout cela ne signifie que le virus lui-même a soudainement changé.

Au fur et à mesure que le virus se propage d'une personne à l'autre, il accumule ces petits changements, permettant aux scientifiques de suivre les schémas de transmission - de la même manière que nous pouvons examiner les génomes humains et identifier les personnes apparentées. Mais dans un virus, la plupart de ces changements génétiques n'ont aucun impact sur la façon dont il affecte réellement les individus et les communautés.

Les scientifiques en génomique ont encore besoin d'un moyen de suivre cette évolution virale, à la fois pour la science fondamentale et pour identifier tout changement de comportement le plus tôt possible. C'est pourquoi ils surveillent de près les tendances dans le delta, d'autant plus qu'il se propage si rapidement. L'équipe Pango continue de diviser les descendants de la première lignée delta, B.1.617.2, en sous-catégories de cas apparentés.

Jusqu'à récemment, il avait enregistré 617.2 lui-même plus trois enfants, appelés AY.1, AY.2 et AY.3. Cette semaine, l'équipe a décidé de diviser ces enfants en 12 familles afin de mieux suivre les changements locaux à petite échelle, d'où le total de 13 variantes delta. Rien de tout cela ne signifie que le virus lui-même a soudainement changé.

Surtout à la marge, avec ces variantes émergentes, vous coupez les cheveux en quatre, déclare Duncan MacCannell, directeur scientifique du Bureau de détection moléculaire avancée du CDC. Selon la façon dont ces définitions sont élaborées et raffinées, les cheveux peuvent se diviser de différentes manières.

Qu'est-ce qui compte pour le public ?

Il convient de noter que toutes les variantes avec des surnoms OMS ne sont pas également mauvaises. Lorsque l'organisation donne un nom à une nouvelle famille, elle ajoute également une étiquette nous indiquant à quel point nous devons nous inquiéter.

Le niveau le plus bas est un variante d'intérêt , ce qui signifie qu'il vaut la peine de garder un œil dessus ; au milieu se trouve un variante de préoccupation , comme delta, qui a clairement évolué pour être plus dangereux. Souvent, les variantes d'intérêt reçoivent cette étiquette parce qu'elles partagent une mutation avec des variantes préoccupantes - elles sont sous surveillance.

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Le CDC a une catégorie supplémentaire, plus sévère, une variante de haute conséquence , qui n'a jamais été confié à une famille covid. Il est réservé aux futures souches potentielles qui pourraient causer une maladie grave chez les personnes vaccinées, ne pas apparaître sur les tests de diagnostic couramment utilisés ou peut-être résister à plusieurs traitements pour les symptômes de covid.

Les deux lignées Pango qui sont le plus souvent appelées delta plus, AY.1 et AY.2, ont toutes deux une mutation précédemment observée dans une autre variante préoccupante, appelée bêta, qui est apparue pour la première fois en Afrique du Sud. Mais au cours des quelques mois qui ont suivi l'émergence de AY.1 et AY.2, rien n'indique qu'ils soient différents de leur parent dans leur comportement.

Nous identifions les mutations qui, selon nous, ont une signification, et il existe des preuves à l'appui, dit MacCannell. Parfois, ceux-ci se déroulent, et parfois non.

Donc, s'ils ne se comportent pas différemment, pourquoi de nombreuses agences de santé publique, y compris le CDC, divisent-elles la sous-lignée des cas delta lorsqu'elles rapportent leurs chiffres ?

Beaucoup d'entre eux essaient d'éviter les questions. Si nous affichons simplement un téléscripteur qui dit « Delta a autant de cas », nous recevons des questions comme « Avons-nous un AY.3 ? J'ai entendu dire que AY.3 est préoccupant », déclare Florek, qui a créé le tableau de bord de séquençage covid du Wisconsin. Il n'y a pas que les médias. Ce sont des installations, des hôpitaux, des cliniques - tous les clients que nous servons en tant que laboratoire de santé publique de l'État.

En ce qui concerne quelle est la meilleure approche? Je ne suis vraiment pas sûr. Je pense que nous apprenons tous en quelque sorte la meilleure façon de communiquer les informations nécessaires, d'une manière exploitable et interprétable par un large public.

Les scientifiques auront toujours des suppositions éclairées sur les gènes liés aux changements de comportement. Cette spéculation, cependant, est souvent basée sur des expériences de laboratoire qui examinent les effets des changements génétiques individuels.

En réalité, les mutations se produisent de manière aléatoire dans les génomes des virus chez les millions de personnes infectées. Certaines de ces mutations disparaissent et quelques-unes se propagent à d'autres personnes. Au fur et à mesure que les changements s'accumulent, ils interagissent les uns avec les autres et avec les actions humaines, de manière compliquée, pour donner lieu à un comportement dans le monde réel.

Il faut beaucoup de temps aux scientifiques pour faire la recherche et vraiment comprendre ce qui se passe - beaucoup plus de temps qu'il n'en faut pour écrire un reportage ou publier un article en ligne sans examen par les pairs.

La génomique n'est pas tout, c'est le début de l'histoire. Il nous dit que cette variante existe, explique Brito. Nous pouvons être anxieux quand il y a une raison, mais pas pour des changements mineurs.

Cette histoire fait partie du Pandemic Technology Project, soutenu par la Fondation Rockefeller.

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