Mettre les tests génétiques à l'épreuve

Le généticien Craig Venter et ses collègues ont testé deux des principaux services de génomique grand public et ont déclaré que l'industrie naissante était prometteuse, mais encore très tôt en termes d'utilité de l'information.

Venter, le fondateur de la Institut J. Craig Venter à San Diego, en Californie, et des collaborateurs de cet institut et du Scripps Translational Science Institute de La Jolla, en Californie, ont envoyé la salive de cinq individus - ils ne disent pas à qui ils ont craché - pour 23andme et Navigénie , deux grandes sociétés de tests ADN en ligne, toutes deux basées dans la région de la baie de San Francisco. L'équipe de Venter a ensuite analysé et comparé les résultats pour voir si les sites fournissaient des informations cohérentes.

L'équipe a comparé les cinq ensembles de résultats ADN pour le risque de développer 13 maladies, dont le cancer du côlon, le lupus, le diabète de type 2 et le syndrome des jambes sans repos.

Les résultats sont publiés aujourd'hui dans un commentaire de la revue La nature , ainsi que des suggestions sur la façon d'améliorer les tests génétiques en tant que produit destiné directement au consommateur.

Le groupe de Venter a constaté que les données brutes de séquençage génétique fournies par chaque entreprise étaient cohérentes à presque 100 %. Autrement dit, pour les 500 000 à 1 million de marqueurs génétiques testés pour chaque personne, les As, C, T et G étaient presque exactement les mêmes.

La façon dont les sites de tests génétiques ont interprété les données était moins cohérente. Chacune a utilisé des études de la littérature scientifique qui ont analysé des populations humaines à la recherche de marqueurs ADN associés à des facteurs de risque afin de prédire si une personne succombera à une maladie particulière. Une personne pourrait avoir, disons, un risque accru de 30 pour cent de diabète de type 2 si elle possède une version particulière du marqueur génétique pertinent.

Pour les sept maladies analysées par les chercheurs, seulement environ la moitié des facteurs de risque fournis par 23andme et Navigenics étaient d'accord pour les cinq patients. Par exemple, pour le lupus et le diabète de type 2, trois des cinq sujets ont reçu des résultats contradictoires.

En creusant plus profondément, les chercheurs ont découvert que certains des facteurs de risque individuels étaient remarquablement différents. Pour le psoriasis, 23andme a signalé un facteur de risque de 4,02 (quatre fois plus élevé) pour un individu, tandis que Navigenics n'a signalé qu'un facteur de risque de 1,25 (25 % de plus), soit une différence triple.

Dans mon propres expériences , j'ai comparé les résultats fournis par plusieurs sites de tests génétiques en ligne : 23andme et Navigenics, ainsi qu'en Islande déCodeme . Mes résultats pour la crise cardiaque ont produit trois risques globaux différents de crise cardiaque : élevé pour Navigenics, moyen pour 23andme et faible pour deCodeme. J'ai trouvé plusieurs contradictions moins frappantes pour le diabète, la dégénérescence maculaire et d'autres traits.

Les différences surviennent pour deux raisons principales : parce que différentes entreprises utilisent parfois des marqueurs différents, et des combinaisons de marqueurs, pour déterminer un score de risque global pour une maladie, et parce que les algorithmes utilisés par les sites diffèrent dans la façon dont ils pondèrent les facteurs de risque pour différents marqueurs génétiques .

L'étude Venter note que, dans certains cas, les entreprises définissent différemment le risque moyen de maladie dans la population. Navigenics distingue le risque de maladie de la population entre les hommes et les femmes (par exemple, les hommes sont plus susceptibles d'avoir des crises cardiaques que les femmes), alors que 23andMe prend principalement en compte l'âge (par exemple, l'incidence de la polyarthrite rhumatoïde augmente avec l'âge), écrivent les auteurs. Cette ambiguïté dans la définition d'une « population » souligne la prudence qu'il faut faire preuve dans l'interprétation des résultats du risque absolu.

L'étude Venter formule plusieurs recommandations à l'intention des entreprises de tests génétiques s'adressant directement aux consommateurs. Il s'agit notamment de mettre davantage l'accent sur les variations génétiques qui ont un impact élevé sur le risque de maladie et d'appeler à utiliser davantage de marqueurs qui fournissent des informations sur les facteurs de risque pour la prise de médicaments, tels que la warfarine, un anticoagulant et les statines hypocholestérolémiantes. (23andme fournit un marqueur qui peut indiquer un risque d'effets secondaires pour la warfarine.) Les chercheurs suggèrent également que les sites expliquent mieux comment leurs marqueurs s'intègrent dans l'impact global des gènes sur une maladie (par exemple, si un marqueur donné représente 5 % , 20 pour cent ou 100 pour cent de l'impact génétique sur une maladie).

Les recommandations à la communauté génétique comprennent la réalisation d'études cliniques pour valider les marqueurs génétiques de la maladie et des traits comportementaux chez des patients réels suivis au fil du temps, et une plus grande attention aux ethnies non caucasiennes.

La cofondatrice de 23andme, Anne Wojcicki, et le cofondateur de Navigenics, David Agus, sont tous deux d'accord avec les recommandations. Il y a un besoin distinct de transparence et de qualité dans les études d'association génétique, dit Agus. Nous donnons des informations essentielles aux individus pour les aider avec leur santé personnelle. Ces informations doivent être correctes, ou nous avons rendu un mauvais service.

Nous prévoyons de travailler avec 23andme pour codévelopper des normes pour le domaine, ajoute Agus. Il s'agit d'un effort volontaire qui, jusqu'à présent, a échoué. Andro Hsu, agent de liaison scientifique et politique de 23andme, a déclaré qu'il pourrait être nécessaire d'avoir un tiers neutre qui crée des normes - il a suggéré les Centers for Disease Control. D'autres ont parlé de la Food and Drug Administration, ou même du National Institute of Standards and Technology.

Ce que Venter et la société n'ont pas mentionné, c'est le mot réglementation, ce qui est susceptible de se produire sous une forme ou une autre si l'industrie veut s'assurer que les informations sont exactes et cohérentes. le La nature le commentaire n'appelle pas non plus à un effort agressif et complet pour valider les tests génétiques en menant des études en clinique pour voir lesquels de ces marqueurs prédisent vraiment la maladie - un projet qui pourrait être nécessaire pour accélérer le jour où ces tests deviendront plus utiles sur le plan médical pour les particuliers.

Venter suggère cependant que la dernière technologie de séquençage de l'ADN produit rapidement une alternative plus précise et plus complète au type de marqueurs ADN uniques utilisés par ces sociétés. Au cours des derniers mois seulement, la capacité des scientifiques à séquencer l'intégralité des six milliards de nucléotides du génome d'une personne est devenue suffisamment bon marché pour qu'elle puisse bientôt remplacer les puces actuellement utilisées par les sociétés de test. Les tests existants scannent le génome d'une personne pour trouver jusqu'à un million de marqueurs couvrant la plupart des variations génétiques associées aux maladies humaines, mais ils ne les couvrent presque pas tous.

Il y a à peine deux ans, le séquençage d'un génome entier coûtait 1 million de dollars ; maintenant, le prix chute rapidement à moins de 50 000 $ et pourrait n'être que de 5 000 $ l'année prochaine.

Une fois que nous aurons au moins 10 000 génomes humains et le phénotype complet [profils de maladie] avec ces génomes, nous pourrons faire des corrélations impossibles à faire à l'heure actuelle, explique Venter. À ce stade, les tests génétiques seront un bon investissement pour les entreprises privées et le gouvernement.

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