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Le débat s'ensuit alors que les tests prénatals vont au-delà du syndrome de Down
Il y a deux semaines, la conseillère en génétique Emily Hardisty était assise en face de trois vendeurs de la société de biotechnologie Sequenom de San Diego. L'équipe de vente était venue lui présenter une nouvelle façon de scruter plus profondément que jamais le génome d'un fœtus pendant la grossesse.
Sequenom affirme que son test, qui est devenu disponible aujourd'hui, promet plus d'informations sur les chromosomes de votre bébé que n'importe quel test sanguin prénatal à ce jour. Mais Hardisty ne mordait pas. Elle dit que son centre, à l'Université de Caroline du Nord, à Chapel Hill, ne prévoit pas de le commander. On ne sait pas à quel point le test est précis, dit-elle, ni même s'il profitera vraiment aux parents.
Poussées par le profit et une technologie puissante, plusieurs sociétés de biotechnologie étendent les tests de dépistage prénatal populaires. En plus de rechercher le syndrome de Down, ils commencent à rechercher de plus petites ruptures et erreurs le long des 23 ensembles de chromosomes d'un bébé qui peuvent également causer des malformations congénitales graves, bien que rares. Dans brochures destinées aux futures mamans , Sequenom présente son test étendu comme le seul test sanguin prénatal qui analyse chaque chromosome de votre bébé en développement.
En pratique, le nouveau test analyse le génome à un niveau élevé, à la recherche d'ADN manquant ou ajouté. Comme les tests précédents, il peut détecter une copie supplémentaire du chromosome 21, la cause du syndrome de Down. Mais il signalera également tout morceau d'ADN manquant, dupliqué ou égaré supérieur à sept millions de lettres génétiques, soit environ 1/20e de la taille d'un chromosome.
Il s'agit de détecter tout changement aussi important, car il sera pertinent, déclare Dirk van den Boom, directeur scientifique et stratégique de Sequenom. Il estime que le test élargi détecterait un problème grave dans une grossesse sur 1 000.
Sequenom dit qu'il commercialise le test étendu, qui coûte environ 3 000 $, aux spécialistes pour l'instant, mais il a un œil sur chaque grossesse. Les dirigeants de la société ont déclaré aux analystes de Wall Street qu'ils s'attendent à ce que le test étendu devienne la norme. La plupart des frais seront couverts par l'assurance.
Les nouveaux tests signifient que chaque mère pourrait bientôt être exposée à des découvertes génétiques ésotériques et de pointe du genre jusqu'à présent offertes uniquement par des laboratoires spécialisés et nécessitant une biopsie ou une amniocentèse. Sequenom affirme que son test non invasif, appelé MaterniT Genome, équivaut à un caryotype ou à une inspection minutieuse des chromosomes d'un bébé au microscope.
Les futures versions de ces tests devraient parcourir le génome avec encore plus de précision, prédisent les entreprises. Daixing Zhou, PDG de la société chinoise de tests Berry Genomics, a déclaré que sa société préparait un test prénatal pour un lancement cet automne qui détecterait toute erreur sous-chromosomique supérieure à deux millions de lettres d'ADN.
De tels tests fourniraient aux parents des types d'informations sans précédent, comme les gènes à risque pour l'autisme, en plus de centaines de troubles rares du développement. Bien que cela puisse attraper des problèmes à temps pour un avortement ou pour se préparer à un enfant handicapé, les groupes de médecins disent qu'il y a encore trop peu de données à l'appui de l'utilisation des tests. Dans des directives qui viennent d'être publiées, le Congrès américain des obstétriciens et gynécologues a conclu que le dépistage systématique des défauts chromosomiques plus petits ne devrait pas être effectué.
Plus gros est vendu comme meilleur. Les entreprises sont à l'origine de cela, pas les patients ni les prestataires, déclare Katie Stoll, conseillère en génétique dans l'État de Washington et membre de la Genetic Support Foundation à but non lucratif. Les entreprises ne sont pas liées par les directives professionnelles pour décider quel test vendre.
Certains experts en génétique disent qu'il est inévitable d'extraire plus d'informations de l'ADN prénatal, et probablement une bonne idée. Je vois une grande reconnaissance, dit Ronald Wapner, un professeur de l'Université de Columbia qui a travaillé avec des entreprises pour aider à étudier leurs tests prénatals. Pourquoi ne voudriez-vous pas voir ces choses ? Certaines personnes résistent, mais c'est parce que ce sont de toutes nouvelles pensées. Nous avons besoin de plus d'informations, pas de moins.
Sequenom a lancé le premier test sanguin précis pour le syndrome de Down en 2011. Ce trouble résulte de la présence de trois copies du chromosome 21, au lieu des deux habituelles. Depuis lors, une demi-douzaine de tests concurrents ont atteint le marché. Comme Sequenom, ils utilisent tous des machines de séquençage rapides pour décoder des fragments d'ADN fœtal présents dans le sang prélevé sur la mère au cours de son premier trimestre (voir Trop d'informations). En analysant ces fragments, il est possible de déterminer si le bébé a trop ou trop peu de chromosomes.
Les tests de dépistage pratiques sont devenus un succès retentissant. Sequenom dit en avoir réalisé 450 000. Mais la meilleure mesure de leur adoption rapide est que le taux d'amniocentèse, ou biopsie invasive, a chuté de plus de moitié dans de nombreux hôpitaux en seulement quatre ans.
Les entreprises ont cherché des moyens de pousser plus loin les tests non invasifs. L'année dernière, Sequenom et Natera, une autre société de test, ont commencé à dépister un petit nombre de microdélétions, ou de petits morceaux d'ADN manquants très spécifiques qui sont connus pour causer des maladies génétiques rares mais graves telles que le syndrome de DiGeorge, Prader-Willi maladie, et Cri-du-Chat, ainsi nommé pour les pleurs aigus de chat des nourrissons affectés.
Tous ces syndromes sont caractérisés par des handicaps physiques et intellectuels, mais les médecins se plaignent que les tests présentent des inconvénients rarement mentionnés, notamment une forte probabilité qu'un résultat positif soit une fausse alerte. Neeta Vora, professeur de médecine fœtale maternelle à l'Université de Caroline du Nord et directrice de son laboratoire de dépistage du sang maternel, explique que c'est parce que ces syndromes sont très rares, affectant aussi peu qu'une naissance sur 50 000. Selon le taux d'erreur du test, cela signifie que les faux positifs peuvent être plus nombreux que les vrais positifs. Il est très difficile de conseiller les patients, dit Vora.
La société de test Natera, par exemple, a estimé en un document publié en mars dernier que seulement un résultat positif sur 20 pour le syndrome de DiGeorge aurait vraiment la maladie. Zach Demko, un scientifique de l'entreprise, affirme que le taux de faux positifs est plus faible avec une version mise à jour de son test. Natera, qui vend environ 20 000 tests par mois, a levé 180 millions de dollars lors d'une introduction en bourse en juillet.
Vora dit qu'un danger de faux positifs est que certains patients et certains médecins supposent que les tests de dépistage sont infaillibles. Ils ne réalisent pas qu'un résultat positif doit être confirmé par un test invasif, comme l'amniocentèse. Cela peut causer une anxiété inutile et a conduit à des cas où des femmes ont mis fin à des grossesses qui étaient, en fait, en bonne santé.
Wapner, co-auteur de l'article de Natera, reproche également aux entreprises d'avoir lancé des tests avant que des experts extérieurs n'aient eu la chance d'intervenir. Mais Wapner ne pense pas que les faux positifs eux-mêmes soient un problème. Il note qu'avant les tests sanguins non invasifs, presque toutes les femmes enceintes de plus de 35 ans étaient envoyées pour une amniocentèse, même si la probabilité de trouver le syndrome de Down était d'une sur 270. Maintenant, nous avons des gens qui disent qu'une sur 20 est trop élevée pour les microdélétions, dit-il. C'est ridicule.
L'élargissement de la portée des tests non invasifs pourrait en accroître la demande. Certaines organisations médicales ne recommandent pas encore les tests coûteux pour les jeunes femmes, estimant que le risque de syndrome de Down est très faible. Mais les syndromes de microdélétion, bien que peu courants, affectent tous les âges de la même manière. Cela crée également un argument pour tester les femmes plus jeunes. Ils ne semblent pas liés à l'âge, nous pensons donc qu'ils conviennent à toutes les grossesses, déclare Zhou, PDG de Berry Genomics.
Le test du génome de Sequenom innove car, contrairement aux tests antérieurs, qui recherchaient des informations sur des microdélétions spécifiques importantes sur le plan médical, il scanne tous les chromosomes et signale toute altération de l'ADN qu'il trouve, qu'ils soient ou non connus pour provoquer une maladie. En fait, Van den Boom n'a pas été en mesure de nommer une seule anomalie congénitale ou maladie spécifique que la nouvelle fonctionnalité du test est conçue pour détecter.
Mais Van den Boom affirme qu'en pratique, toutes les altérations qu'il trouvera seront graves, puisque la société ne signalera que les altérations supérieures à sept millions de lettres d'ADN, environ deux à trois fois plus importantes que les microdélétions que les tests recherchent actuellement. D'autres experts disent que des erreurs d'ADN de cette taille pourraient entraîner la mort in utero ou des conditions si rares qu'elles n'ont pas de nom.
L'incertitude de Sequenom quant à ce qu'il teste réellement indique une autre préoccupation importante : si les médecins ne savent pas ce que signifient les erreurs d'ADN, comment peuvent-ils conseiller les patients ? Même certaines formes bien étudiées de lésions chromosomiques ne sont pas certaines de causer de graves problèmes de santé. La clinique de Vora à l'Université de Caroline du Nord dit avoir conseillé une future mère dont le sang est revenu positif pour la microdélétion qui cause le syndrome d'Angelman. Il s'est avéré que la mère était celle qui avait l'erreur génétique, mais elle n'était pas très affectée. Il y a des gens qui se promènent avec certaines de ces microdélétions qui ne savent même pas qu'ils les ont, dit Hardisty.
Van den Boom dit que Sequenom s'inquiète également de trouver des erreurs d'ADN dont la signification n'est pas certaine et qui pourraient exposer les patients et les médecins à des informations qu'ils ne savent peut-être pas gérer, comme les facteurs de risque de l'autisme. Il dit que Sequenom a discuté du danger que les informations soient utilisées à mauvais escient pour interrompre une grossesse ou que les médecins ne sachent même pas ce qu'ils testent. C'est l'une des raisons pour lesquelles il a fixé le seuil à sept millions de bases, dit-il. Nous voulons nous assurer qu'il y a une pertinence clinique.
Le nouveau test de Sequenom coûtera environ 300 $ de plus que le test de 2 700 $ qu'il propose depuis plusieurs années. Van den Boom dit qu'il pense qu'il est probable que des tests non invasifs seront éventuellement utilisés pour signaler des erreurs beaucoup plus petites, ainsi que pour diagnostiquer des gènes de maladies héréditaires courantes et des troubles métaboliques in utero, plutôt qu'à la naissance. Pour sa part, Natera a déclaré aux investisseurs lors de son introduction en bourse qu'elle voyait également peu de limites à la technologie. Il a déclaré qu'il pensait avoir la capacité de générer près du génome complet d'un individu, environ neuf semaines après la conception de l'individu.
Pour Wapner, cela signifie que le débat d'aujourd'hui sur l'opportunité d'examiner de plus près les chromosomes n'est qu'une répétition générale pour le jour où le génome d'un fœtus sera connu, lettre pour lettre (voir 10 Breakthrough Technologies 2013: Prenatal Sequencing ). Nous serons incontestablement capables de séquencer un fœtus de manière non invasive, dit-il. Que nous devrions le faire est une autre affaire.