Le carburant de fusée pour le Cancer Moonshot de Biden? Big Data

Si le vice-président Joe Biden Cancer Moonshot va vraiment doubler le rythme de progrès dans la prévention, le diagnostic et le traitement du cancer, il faudra beaucoup plus de données. Cela signifie qu'il faudra probablement davantage d'accords de partage de données, comme celui annoncé lors du Cancer Moonshot Summit d'aujourd'hui à Washington, D.C., entre le National Cancer Institute et Foundation Medicine, une société de biotechnologie vendant des tests qui séquencent les génomes tumoraux.

Pour accélérer les avancées, Biden a appelé pour plus de partage de données et de collaboration entre les chercheurs sur le cancer dans les universités, l'industrie et le gouvernement. Foundation, qui fournira au NCI les profils génomiques des tumeurs de 18 000 adultes, est la première entreprise à contribuer à la nouvelle étude du NCI Communs de données génomiques , une base de données publique et une plateforme d'analyse pour la génomique du cancer. Les nouvelles données doublent la taille de la base de données, ce qui est crucial pour le projet de Biden et pour le président Obama. Initiative de médecine de précision . Cela aidera les chercheurs à étudier les anomalies génétiques observées dans de nombreux cancers, et cela pourrait également contribuer à ouvrir de nouvelles possibilités de traitement.

Le vice-président Joe Biden mène un effort pour accélérer la recherche sur le cancer.

Avant aujourd'hui, la base de données du NCI contenait des informations de séquençage des tumeurs de quelque 14 500 patients atteints de cancer, y compris des données cliniques sur la façon dont ils ont répondu aux médicaments. De grandes bases de données comme celle-ci pourraient aider les chercheurs à mieux comprendre la nature des cancers et à trouver des indices sur les raisons pour lesquelles certaines tumeurs réagissent aux médicaments et d'autres non, et pourquoi certaines réagissent puis rechutent.

Les informations de Foundation ne sont pas si complètes; il n'inclura pas d'informations sur la façon dont les patients ont réagi aux médicaments. Néanmoins, il s'agit d'un ajout spectaculaire aux ressources de données existantes du NCI, déclare Louis Staudt, directeur du NCI. Centre de génomique du cancer . Plus l'ensemble de données est grand, plus les chances de découvrir de nouvelles choses sont grandes. En plus que doublant le nombre de patients, nous augmenterons considérablement le pouvoir explicatif de la base de données pour comprendre le cancer, dit Staudt.

L'idée de la médecine de précision est d'utiliser autant d'informations biologiques que possible pour s'assurer que les traitements sont plus précisément adaptés aux individus et à leurs maladies. Le défi de faire cela pour le cancer est qu'il est loin d'être une maladie unique - il y a au moins moins 200 formulaires et de nombreux autres sous-types, définis par des anomalies spécifiques dans les génomes tumoraux.

Certains patients ont des tumeurs avec des anomalies observées uniquement chez une fraction extrêmement faible des personnes atteintes de ce type de cancer, dit Staudt, et dans certains cas, il existe des médicaments qui agissent contre ces cancers rares. Il pourrait y avoir des altérations tout aussi rares qui n'ont pas encore été trouvées et qui pourraient représenter de nouvelles cibles pour les médicaments. Ajouter plus de patients à la base de données du NCI augmente son pouvoir d'aider à les découvrir.

Staudt espère que le don de Foundation Medicine inspirera des initiatives similaires par d'autres groupes avec des ensembles de données qui seraient utiles pour la génomique du cancer. Le NCI générera également ses propres nouvelles données grâce à des essais cliniques innovants comme NCI-MATCH , qui se concentre sur le test de thérapies ciblées sur un grand nombre de patients dont les tumeurs contiennent des anomalies spécifiques.

Idéalement, ce qu'il faut, c'est une collection qui comprend à la fois de grandes quantités d'informations sur le séquençage des patients et des informations cliniques détaillées, en particulier sur les résultats du traitement, déclare Clifford Hudis, PDG de l'American Society of Clinical Oncology. Cela signifie que les médecins devront améliorer leur saisie de données dans les dossiers médicaux et que les données devront être lisibles par les ordinateurs, dit-il.

Mais rassembler ce type d'informations sera également compliqué par les préoccupations concernant la vie privée des patients et les lois régissant le partage de ces données. Et les entités commerciales ne seront pas toujours disposées à se séparer de leurs données. La Fondation affirme qu'elle l'a fait dans ce cas afin d'accélérer la médecine de précision. Peut-être que cela nous donne un bon départ, dit Hudis.

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