L'offre d'Illumina pour vaincre le cancer avec des tests ADN

La plus grande société de séquençage d'ADN au monde a déclaré qu'elle allait créer une nouvelle société pour développer des tests sanguins coûtant 1 000 dollars ou moins et pouvant détecter de nombreux types de cancer avant l'apparition des symptômes.

Illumina, basée à San Diego, a déclaré que ses tests sanguins devraient arriver sur le marché d'ici 2019 et seraient proposés par le biais de cabinets médicaux ou éventuellement d'un réseau de centres de test.

Le nom du spin-off, Grail, reflète les attentes croissantes autour de nouveaux types de tests ADN qui pourraient faire plus pour vaincre le cancer que les plus de 90 milliards de dollars dépensés chaque année par les médecins et les hôpitaux pour les médicaments anticancéreux. Le PDG d'Illumina, Jay Flatley, dit qu'il espère que les tests pourraient être un tournant dans la guerre contre le cancer.

La startup sera basée à San Francisco et a levé plus de 100 millions de dollars auprès d'Illumina ainsi que de Bill Gates, du fonds de capital-risque de Jeff Bezos, de Bezos Expeditions et d'Arch Venture Partners. Illumina conservera le contrôle majoritaire.

Le concept de test poursuivi par Illumina, parfois appelé biopsie liquide, consiste à utiliser des machines de séquençage d'ADN à grande vitesse pour parcourir le sang d'une personne à la recherche de fragments d'ADN libérés par les cellules cancéreuses. Si de l'ADN avec des mutations cancérigènes est présent, cela indique souvent qu'une tumeur est déjà en train de se former, même si elle est trop petite pour provoquer des symptômes ou être vue sur un appareil d'imagerie.

Illumina n'a pas inventé l'idée des tests, qui ont d'abord été développés par des centres universitaires, notamment à l'Université Johns Hopkins (voir Spotting Cancer in a Vial of Blood) et à Hong Kong (voir Liquid Biopsy). Mais Flatley dit que ce n'est que récemment que le séquençage des gènes est devenu suffisamment peu coûteux pour essayer de rendre les tests de dépistage du cancer abordables.

Illumina, qui est basée à San Diego, a créé des spin-offs dans la Silicon Valley pour s'adresser aux marchés de consommation des données ADN.

Un test ADN capable de détecter de nombreux types de cancer pourrait être révolutionnaire car les tumeurs détectées tôt peuvent souvent être guéries par chirurgie ou radiothérapie. Depuis les années 1970, les baisses les plus importantes des taux de mortalité par cancer sont dues soit à des changements de comportement, comme la baisse du tabagisme, soit à des tests de dépistage efficaces, principalement des coloscopies et des frottis vaginaux. De nouveaux médicaments ont également aidé, bien que leur impact sur la survie ait généralement été modeste.

Les attentes selon lesquelles les tests sanguins contre le cancer se transformeront rapidement en une industrie de plusieurs milliards de dollars ont suscité un intérêt croissant de la part des investisseurs. Par exemple, la semaine dernière, une startup appelée Guardant, dirigée par d'anciens dirigeants d'Illumina, a également déclaré avoir levé 100 millions de dollars.

Le test de Guardant n'est pas un test de détection précoce, mais est plutôt utilisé pour mesurer l'ADN tumoral chez les patients déjà aux prises avec un cancer et peut être prescrit à la place d'une biopsie tissulaire invasive (voir The Great Cancer Test Experiment ). Parmi les autres sociétés qui soumissionnent pour une part du marché des tests figurent Personal Genome Diagnostics, une spin-off de l'Université Johns Hopkins, ainsi que Trovagene, Boreal Genomics et Natera.

Aux États-Unis, le seul test de biopsie liquide à détection précoce sur le marché provient de Pathway Genomics et coûte 699 $. Mais comme on ne sait toujours pas dans quelle mesure ces types de tests fonctionnent, cette société a reçu une lettre d'avertissement de la Food and Drug Administration des États-Unis remettant en question ses allégations marketing (voir Pourquoi vous ne devriez pas vous embêter avec un test de dépistage du cancer à 699 $).

Jay Flatley, le PDG d'Illumina, avec une machine de séquençage d'ADN. Les séquenceurs Illumina représentent la plupart des données ADN générées dans le monde.

Tout développeur d'un test de dépistage présymptomatique du cancer fait face à des obstacles de taille. À quelle fréquence le test détectera-t-il un cancer et à quelle fréquence donnera-t-il un résultat erroné ? De plus, même les tests qui découvrent le cancer à un stade précoce peuvent se transformer en catastrophes médicales si les patients finissent par recevoir un traitement agressif et coûteux pour des cancers qui ne les tueront pas.

Le plus difficile n'est pas seulement de démontrer la capacité de détecter le cancer à un stade précoce, mais de pouvoir affirmer que ces connaissances sont en fait significatives en termes de résultats pour les patients, déclare J. Leonard Lichtenfeld, médecin-chef adjoint de l'American Cancer Society. Je ne peux pas vous dire combien de fois nous avons dit: 'Oh, tout ce que nous avons à faire est de trouver chaque cancer tôt et nous résoudrons le problème.'

Flatley convient que la plupart des tests de dépistage n'ont pas aidé les patients et que de nombreuses entreprises les développant ont subi des revers en conséquence. Si vous regardez cette entreprise, elle est jonchée d'échecs. À quelques exceptions près, les tests de dépistage ont toujours été horribles, dit-il. C'est un grand défi.

Pour prouver qu'une détection précoce est possible, dit Flatley, Grail dépensera des millions pour organiser des essais cliniques impliquant jusqu'à 30 000 personnes. Il les testera tous et verra ensuite si les tests sont capables de détecter le cancer plus tôt que les méthodes établies.

Flatley estime que la quantité de séquençage d'ADN requise pour les études équivaudrait au décodage des génomes d'environ 400 000 personnes en haute qualité. Cela rend le projet environ trois fois plus important que Genomics England, un effort national pour étudier le cancer et les maladies au Royaume-Uni.

Flatley dit qu'il pense qu'à l'heure actuelle, Illumina est la seule entreprise actuellement capable de mettre en œuvre une technologie de séquençage à un coût suffisamment faible pour mener de telles études et mettre sur le marché un test peu coûteux. Dans ce cas, nous ne pensions pas que le marché pourrait le faire assez rapidement, à moins que nous détruisions notre [business] en donnant le séquençage, a déclaré Flatley. Nous pensons que personne d'autre ne peut le faire à grande échelle. Et il y a des millions de vies en jeu.

Illumina a un avantage de prix car elle fabrique et vend chaque année pour plus de 2 milliards de dollars d'instruments de séquençage d'ADN, de produits chimiques et de kits de test à des scientifiques universitaires et à d'autres laboratoires. Mais récemment, il a également cherché à se lancer directement dans ce qu'il pense être des applications clés pour ces données ADN. En 2013, il a payé près d'un demi-milliard de dollars pour acquérir la société de tests prénataux Verinta (voir Séquençage prénatal de l'ADN), et en août dernier, il a déclaré qu'il s'associerait à des investisseurs pour créer un vaste magasin d'applications ADN destiné aux consommateurs. (voir Inside Illumina’s Plans to Lure Consumers with an App Store for Genomes ).

Flatley dit que l'objectif de Grail est un test pan-cancer capable de détecter la plupart des types de cancer à partir d'un seul prélèvement sanguin, mais il dit que la détection précoce du cancer du poumon et du sein pourrait être les premiers tests à arriver sur le marché. Flatley lui-même dit qu'il a pris une première version du test, qui est revenu sans aucun problème.

J'étais clair, dit Flatley. Mais si j'ai un cancer, je veux le savoir.

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