Génome humain contaminé par l'ADN de mycoplasmes

Plus tôt cette année, des biologistes moléculaires ont annoncé que 20 % des bases de données du génome non humain sont contaminées par l'ADN humain , probablement des chercheurs qui ont séquencé les échantillons.

Maintenant, le génome humain lui-même est devenu contaminé. Bill Langdon de l'University College London et Matthew Arno du Kings College London disent avoir trouvé des séquences de bactéries mycoplasmiques dans la base de données du génome humain.

Cette contamination a des conséquences considérables. Les entreprises de biotechnologie utilisent la base de données du génome humain pour créer des puces à ADN qui mesurent les niveaux d'expression des gènes humains. Langdon et Arno disent avoir trouvé de l'ADN de mycoplasme dans deux puces à ADN humain disponibles dans le commerce.

Quiconque utilise ces puces pour mesurer l'expression des gènes humains mesure également sans le savoir l'expression des gènes des mycoplasmes.

À certains égards, ce n'est guère une surprise. Il est bien connu que la contamination par les mycoplasmes est monnaie courante dans les laboratoires de biologie moléculaire, expliquent Langdon et Arno. Avec un peu de chance, la découverte de ces éléments dans la base de données du génome humain concentrera les esprits sur le problème.

Une question clé est la nature de ce type de transmission d'informations. Ces gènes de mycoplasmes réussissent clairement à se reproduire in silico. Une possibilité est que nous assistions aux prémices d'un tout nouveau type de paysage d'infection.

Ici, des gènes qui peuvent se faire passer pour des humains (ou d'autres organismes) peuvent se transmettre avec succès d'une base de données à une autre. Et si nous considérons cela comme une infection virtuelle, il y a fort à parier que nous nous inquiéterons de l'évolution virtuelle dans un avenir proche.

Mais que faire? Le niveau de contamination et la manière dont elle se propage suggèrent que les chercheurs sont en train de perdre la bataille pour l'éliminer. Nous craignons que les outils actuels soient insuffisants pour détecter les gènes qui ont franchi la barrière de silicium, disent-ils.

Le plus effrayant de tous est la possibilité que Langdon et Arno n'aient fait qu'effleurer la surface. Après avoir trouvé deux séquences d'ADN suspectes, il semble probable que la séquence publiée du génome humain en contienne plus, disent-ils.

Si l'infection virtuelle est vraiment un problème aussi important que Langdon et Arno le suggèrent, nous devrons peut-être protéger les bases de données avec la version génomique du logiciel antivirus, une sorte de système immunitaire virtuel.

Mais cela en soi est susceptible de déclencher une course aux armements évolutive qui sélectionne les gènes les plus capables de battre les garde-fous.

Clairement, c'est une ortie qu'il faut saisir rapidement. C'est s'il n'est pas déjà trop tard.

Réf : arxiv.org/abs/1106.4192 : Plus de données moisies : infection virtuelle du génome humain

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