Comment un wiki maintient en vie la génétique directe au consommateur

Lorsque Meg DeBoe a décidé d'exploiter son fonds de Noël pour commander un test ADN grand public de 99 $ à 23andMe l'année dernière, elle a été déçue : il est arrivé sans aucune information sur ce que ses gènes disaient sur ses chances de développer la maladie d'Alzheimer et les maladies cardiaques. Le rapport n'a approfondi que sa généalogie génétique, ses parents possibles et ses racines ethniques.

C'est parce qu'un mois plus tôt, en novembre 2013, la Food and Drug Administration avait réprimé 23andMe. Les rapports de santé ADN populaires et les publicités télévisées astucieuses de la société de tests génétiques destinés directement aux consommateurs étaient illégaux, a-t-il déclaré, car ils n'avaient jamais été autorisés par l'agence.

Mais DeBoe, un maman blogueuse et auteur de livres pour enfants, a trouvé un moyen d'obtenir de toute façon les informations sur la santé qu'elle voulait. À l'aide d'un service Web à petit budget appelé Prométhéen , elle a payé 5 $ pour télécharger ses données brutes 23andMe. En quelques minutes, elle examinait un rapport avec des entrées divisant ses gènes en mauvaises nouvelles et bonnes nouvelles.

Alors que des dizaines de milliers d'autres personnes recherchent des informations similaires sur leur prédisposition génétique, elles chargent leurs données ADN sur plusieurs sites Web peu connus comme Promethease qui sont devenus, par défaut, les plus grands fournisseurs de services de santé génétique grand public aux États-Unis - et le prochaines cibles possibles pour les régulateurs nerveux.

Après la répression de la FDA, les consommateurs échangent des informations sur les endroits où se renseigner sur leurs gènes. Ne laissez pas l'homme vous arrêter, a dit l'un d'eux.

Promethease a été créée par une petite entreprise de deux hommes dirigée en parallèle par Greg Lennon, un généticien basé dans le Maryland, et Mike Cariaso, un programmeur informatique. Cela fonctionne en comparant les données ADN d'une personne avec des entrées dans SNPedia, un wiki public tentaculaire sur la génétique humaine que le couple a créé il y a huit ans et géré avec l'aide de quelques dizaines d'éditeurs bénévoles. Lennon dit que Promethease est utilisé pour créer jusqu'à 500 rapports de gènes par jour.

De nombreuses personnes arrivent directement de 23andMe. Après le blocage de ses rapports de santé, les consommateurs se sont plaints avec colère de la FDA sur la page Facebook de l'entreprise, où ils ont également téléchargé des liens vers le site Web de Promethease, le qualifiant de solution de contournement, un moyen d'obtenir des informations médicales exhaustives dans des rapports similaires, mais pas aussi joli. L'ambiance était à la désobéissance civile. Ne laissez pas l'homme vous empêcher de vous faire génotyper, écrivait-on.

La FDA est prudente avec la génomique personnelle car bien que les données ADN soient faciles à collecter, leur signification médicale est moins certaine.

Les tests ADN grand public déterminent quelles versions communes des 23 000 gènes humains composent votre génotype individuel. Alors que la science établit un lien entre ces variantes et le risque de maladie, l'idée a été que les génotypes pourraient prédire votre risque de développer un cancer ou une maladie cardiaque, ou de perdre la vue. Mais prévoir le risque est délicat. La plupart des gènes ne disent rien de décisif sur vous. Et s'ils le font, vous pourriez bien souhaiter avoir un médecin à vos côtés lorsque vous le découvrirez. Je ne pense pas que ce type d'évaluation des risques soit encore suffisamment mature pour être un produit de consommation, déclare David Mittelman, directeur scientifique de Gene by Gene, un laboratoire génétique qui effectue des tests.

En interdisant les rapports de santé de 23andMe, la FDA a également cité le danger que des interprétations erronées des données génétiques puissent conduire quelqu'un à rechercher une intervention chirurgicale inutile ou à prendre une surdose de drogue. Les critiques de la décision ont déclaré qu'elle concernait davantage la question de savoir si les consommateurs devraient avoir le droit d'obtenir des informations génétiques sans passer par un médecin. C'est une question presque philosophique sur la façon dont la médecine va être délivrée, explique Stuart Kim, professeur à l'Université de Stanford qui a aidé à développer un site d'interprétation de l'ADN appelé Interpretome dans le cadre d'un cours qu'il enseigne sur la génétique. Est-ce que ça va être concentré par des associations médicales, ou là-bas sur Internet pour que les gens puissent interagir?

Maintenant, la question est de savoir si Promethease et des sites similaires pourraient ou devraient être la prochaine cible des régulateurs. Lennon pense que son service est hors de portée de la FDA, car il n'offre pas de kit de crachat ni n'effectue de tests ADN lui-même, mais fonctionne plutôt comme un service de recherche documentaire, présentant une version de ce qui se trouve dans les revues scientifiques. Régulez-nous, dit Lennon, et vous devrez également fermer WebMD et Wikipedia.

Atteint par Examen de la technologie MIT , la FDA a déclaré qu'elle avait le pouvoir de réglementer les logiciels qui interprètent les génomes, même si ces services sont offerts gratuitement. L'agence ne fait aucun commentaire sur des entreprises spécifiques.

Nous savons qu'ils nous connaissent, dit Lennon. Ils n'ont pas frappé à notre porte. Nous ne savons pas s'ils viendront frapper demain.

Résultats génétiques

Promethease peut réanalyser les résultats des tests de génotype vendus légalement entre 99 et 199 dollars par diverses sociétés de généalogie, notamment 23andMe, Ancestry.com et National Geographic. projet d'ascendance humaine . Plusieurs autres sites Web d'interprétation uniquement, notamment Interpretome, LiveWello et Genetic Genie, analysent également les résultats de ces tests, qui sont fournis aux clients sous forme de fichier texte contenant une liste de variations génétiques.

Pour Barbara Evans, professeure à l'Université de Houston Law Center, l'idée que les gens puissent recueillir l'ADN d'une entreprise et l'analyser ailleurs est un développement juridique important. Auparavant, le même laboratoire qui vous testait était celui qui vous disait ce que signifiaient les résultats. Mais les informations ADN sont essentiellement numériques. Cela signifie qu'il peut brancher et jouer n'importe où. Ce sera assez difficile à réglementer, prédit Evans. Elle pense que des services comme Promethease pourraient invoquer des arguments de liberté d'expression et d'autres défenses juridiques si jamais les régulateurs les approchaient.

Il n'est pas raisonnable de penser qu'il y a une date précise - le 18 mai 2035 - à laquelle le génome aura un sens, et c'est le jour où vous êtes autorisé à le voir.

Examen de la technologie MIT testé plusieurs sites d'interprétation uniquement à l'aide de données ADN de donneurs anonymes publiées publiquement par le Personal Genome Project, une initiative de partage de données lancée par la Harvard Medical School. Tous les sites ont rapidement rapporté des variants génétiques contenus dans les fichiers, bien que le nombre de variants rapportés ait varié, allant de 35 à 17 667 pour Promethease. Certains des rapports étaient également plus détaillés que d'autres.

Deux des sites semblaient conçus pour orienter les utilisateurs vers la médecine alternative. Genetic Genie, un service gratuit qui diffuse des publicités pour les vitamines, a signalé le moins de gènes dans ce qu'il a appelé un profil de désintoxication. LiveWello a facturé 19,95 $ et inclus plus de gènes, ainsi que des liens vers des rapports scientifiques. Ce site, cependant, demandait aux utilisateurs d'obtenir une explication des résultats en contactant des chiropraticiens, des diététiciens et des guérisseurs corps-esprit dont il fournissait les numéros de téléphone.

Une capture d'écran d'un rapport de gène créé par Promethease. Le rapport montre les effets médicaux suspectés des gènes d’une personne.

Le rapport Promethease était le plus détaillé, bien que sa conception maladroite et simple ne soit pas facile à utiliser. Il organise les variations génétiques d'une personne dans des catégories telles que les conditions médicales et les médicaments. Les utilisateurs peuvent ensuite cliquer pour voir des informations sur des gènes individuels qui, selon la recherche scientifique, pourraient augmenter ou réduire leur risque de réactions médicamenteuses, de maladies courantes ou de traits de personnalité tels qu'un manque d'empathie.

Les informations contenues dans le rapport sont similaires à celles du service de génome personnel interdit de 23andMe, mais il existe des différences. Promethease fait peu d'efforts pour combiner les risques génétiques d'une maladie en un seul chiffre compréhensible. Cela fait du rapport plus un fouillis de faits qu'un diagnostic. Lennon dit que c'est intentionnel. Il dit que 23andMe a marché sur un terrain scientifique fragile en essayant de fusionner les risques en un seul score soigné.

Tout le monde veut vendre une réponse simple : 'Voici votre risque.' Mais nous ne savons pas comment ces choses interagissent, dit-il. En même temps, il pense que la valeur incertaine des informations ADN n'est pas une raison pour les tenir à l'écart des profanes. Il n'est pas raisonnable de penser qu'il y a une date précise - le 18 mai 2035 - à laquelle le génome aura un sens, et c'est le jour où vous êtes autorisé à le voir, dit-il.

Pour l'instant, les consommateurs doivent se débrouiller seuls dans un fourré d'informations scientifiques et prendre leurs propres décisions concernant les risques. Pour DeBoe, la blogueuse, cela signifiait apporter un peu de recul et de bon sens au rapport qu'elle avait acheté à Promethease. Il lui a dit que ses versions de 11 gènes présentaient un risque accru de cancer du sein et qu'une le réduisait. Mais elle n'était pas alarmée, car il s'avère que ce n'est pas vraiment inhabituel. Ce n'est pas une boule de cristal. Je pense que beaucoup de gens font cette erreur, dit-elle. Cela dit, j'y suis allé en voulant savoir quelques choses spécifiques : si j'avais un risque élevé [ou] une prédisposition génétique aux maladies cardiaques, au diabète ou à la maladie d'Alzheimer. Je ne le fais pas, ce qui soulageait.

Déterminer si son soulagement est vraiment justifié pourrait nécessiter l'aide d'un généticien qualifié. C'est du moins le point de vue actuel de la FDA et des sociétés médicales. Mais DeBoe a apporté le rapport à son médecin. Il a dit qu'elle avait un gène pour la sensibilité à la caféine, et DeBoe dit que son médecin a convenu qu'elle devrait s'en tenir au décaféiné et éviter les médicaments comme Novocain. Je pense que c'est comme ça que les gens devraient l'utiliser - comme amorce de conversation avec des professionnels de la santé, dit-elle.

Sous le radar

Pour Lennon et Cariaso, le regain d'intérêt pour Promethease et SNPedia représente un triomphe pour une approche sans fioritures de la génétique. En 2006, la même année que 23andMe a été fondée, ils ont lancé SNPedia en tant que site qui leur permettrait, ainsi qu'à n'importe qui d'autre, de garder un œil sur ce que la science apprenait sur chaque variante de gène. Lennon dit que le site a été calqué sur Wikipedia. C'était la promesse du génome, qu'il devrait être pour tout le monde, dit-il.

De nos jours, SNPedia garde un œil sur environ 57 000 variantes de gènes (connues sous le nom de polymorphismes mononucléotidiques, ou SNP) avec l'aide de quelques dizaines de volontaires. Un contributeur fréquent est James Lick, un entrepreneur qui possède deux franchises Subway sandwich à Taipei. Lick, qui a été adopté, dit qu'il s'est intéressé à la génétique en recherchant ses parents biologiques et passe maintenant quelques heures par semaine à mettre à jour SNPedia. Le mois dernier, il a créé une nouvelle liste pour un gène appelé NGLY1, en ajoutant un lien vers à New yorkais article qui a discuté du gène et de son rôle dans une maladie infantile rare. Contrairement au dbSNP géré par le gouvernement, qui suit des millions de variations, que l'on sache ou non quelque chose à leur sujet, SNPedia se concentre sur les variations qui ont des effets connus sur une personne. Ce n'est pas tout - juste ce qui est intéressant et où quelqu'un se donne la peine de créer une page, dit Lick.

Les consommateurs doivent se débrouiller seuls dans un fourré d'informations scientifiques et prendre leurs propres décisions concernant les risques.

L'effort a été discret; SNPedia est principalement un lieu pour ce que Cariaso appelle la génomique récréative. Lennon, qui avait perdu du capital-risque, ne voulait pas non plus que les investisseurs soient impliqués. En conséquence, leur travail a été éclipsé par 23andMe, qui a levé 126 millions de dollars et embauché plus d'une douzaine de généticiens titulaires d'un doctorat pour organiser ses propres listes de gènes. Sa PDG, Anne Wojcicki, mariée au cofondateur de Google, Sergey Brin, a fait la couverture des magazines, et un membre du conseil d'administration a prédit que sa startup deviendrait le Google des soins de santé personnalisés.

Cela ne s'est pas passé ainsi. Et suite à l'action de la FDA pour bloquer les rapports de 23andMe, le trafic vers les sites d'interprétation uniquement a bondi. Interpretome, maintenu par Konrad Karczewski, chercheur postdoctoral au Massachusetts General Hospital, compte désormais 80 à 100 visiteurs par jour, soit deux fois plus que l'an dernier. Encore plus se dirigent vers Promethease. Lennon dit que le site génère en moyenne entre 50 et 500 rapports par jour, y compris une version gratuite et un produit payant plus rapide. Il ne sera pas trop précis sur les chiffres ou ne dira pas combien d'argent Promethease gagne. Nous sommes un peu timides pour dire combien d'affaires nous faisons, dit-il.

Cela pourrait être par désir de ne pas réveiller les régulateurs. La FDA a un large pouvoir discrétionnaire pour agir, mais choisit souvent d'ignorer les petits opérateurs qui enfreignent les règles, surtout s'ils évitent de faire des allégations de santé manifestes. Mais Cariaso et Lennon ne peuvent pas dire qu'ils n'avaient pas anticipé les problèmes. Après tout, ils ont nommé leur logiciel d'après Prométhée, le titan qui a défié les dieux en volant le feu du mont Olympe et en le donnant à l'humanité. (Selon le mythe, il a ensuite été puni et enchaîné à un rocher pour l'éternité.)

Le feu est la connaissance de votre propre ADN, dit Cariaso. Les dieux sont tous ceux qui tenteraient de m'empêcher de me connaître.

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