Bactéries du bout des doigts : un outil médico-légal prometteur

Ce ne sont pas seulement nos génomes qui nous rendent uniques. Selon des chercheurs de l'Université du Colorado à Boulder, le profil génomique des bactéries qui se frottent au bout de nos doigts et sur les objets que nous touchons – un clavier d'ordinateur, par exemple – fournit également une empreinte digitale qui pourrait être utilisée à des fins médico-légales.

Noé Fierer , Rob Chevalier , et ses collègues ont récupéré des bactéries sur les claviers de trois individus et ont séquencé un grand nombre de génomes bactériens à la fois.

Les chercheurs ont extrait l'ADN bactérien de nombreux échantillons prélevés sur les trois claviers et ont séquencé plus de 1 400 copies du gène ribosomique bactérien de chaque échantillon pour identifier les espèces individuelles de bactéries que chaque échantillon contenait, trouvant qu'ils pouvaient faire correspondre les trois individus avec les claviers qu'ils utilisaient. Ils ont ensuite prélevé des écouvillons sur les souris d'ordinateur de neuf personnes différentes. Lorsqu'ils ont comparé les bactéries trouvées dans les échantillons à une base de données de communautés microbiennes trouvées sur 270 mains de personnes qui n'avaient jamais touché aucune des souris d'ordinateur, les chercheurs ont découvert que les bactéries sur la souris de chaque personne étaient plus similaires à celles de leur main que aux échantillons de la base de données. Jusqu'à présent, note Fierer, la technique est extrêmement préliminaire, mais elle pourrait un jour être aussi précise que des techniques telles que l'analyse de l'ADN ou des empreintes digitales, dit-il.

L'idée d'utiliser une signature microbienne pour identifier des individus n'est pas nouvelle, dit David relman , professeur de médecine, de microbiologie et d'immunologie à l'Université de Stanford. Pendant des décennies, les chercheurs se sont demandé s'il était possible d'identifier des individus sur la base, par exemple, des souches uniques de Escherichia coli logés dans leurs intestins. Jusqu'à récemment, cependant, toutes les idées qui flottaient ne pouvaient pas vraiment être explorées de manière vraiment détaillée et méthodique, dit Relman.

Au cours des dernières années, une technologie de séquençage plus rapide et moins chère a ouvert la voie à des études approfondies des différentes communautés microbiennes hébergées dans le corps humain, et les chercheurs ont mis au point des codes-barres ADN - de courts brins d'ADN caractéristique - qui leur permettent d'identifier facilement les espèces. de bactéries.

Vous ne pouviez pas faire cela littéralement il y a trois ans, dit Prix ​​de la lance , directeur du Center for Metagenomics and Human Health du Translational Genomics Research Institute en Arizona.

Une poignée d'études récentes au sein de la Projet Microbiome Humain , dont un des mêmes chercheurs, ont montré que la composition des microbes dans la peau de différents individus, et même ceux trouvés sur différentes parties du corps d'une même personne, varie de manière constante. L'étude actuelle montre que même les résidus de microbiote qui restent conservent les caractéristiques de l'individualité, explique Relman. En tant que technique médico-légale, note-t-il, c'est beaucoup trop tôt pour être appliqué, mais un jour cela pourrait devenir robuste.

L'approche, lorsqu'elle sera développée plus complètement, pourrait potentiellement fournir des informations là où les techniques médico-légales existantes sont insuffisantes, dit Martin Blaser , professeur de médecine et de microbiologie à l'Université de New York. Lorsque vous nettoyez simplement la peau, vous obtenez au moins 100 fois plus d'ADN microbien que d'ADN humain, dit-il, donc moins de matériel pourrait donner aux enquêteurs un signal plus fort.

Blaser note également que les empreintes digitales ne peuvent pas être lues avec précision si elles sont maculées, tandis qu'une empreinte tachée pourrait encore contenir suffisamment de microbes à analyser. Le microbiome, c'est nous - c'est juste une autre forme d'empreinte digitale, tout comme l'ADN génomique est nous, dit Blaser, qui a écrit un commentaire d'accompagnement à l'étude, tous deux publiés dans Actes de l'Académie nationale des sciences .

Jusqu'à présent, cependant, de nombreuses questions subsistent quant à la précision de la technique. Nous avons fait ces études comme preuve de concept, dit Fierer. Maintenant, nous devons travailler dur.

D'une part, il n'est pas clair si la signature microbienne d'un individu pourrait être récupérée si une autre personne a touché l'objet échantillonné. Une autre question ouverte est de savoir à quel point le microbiome d'un individu est vraiment stable. Les antibiotiques, par exemple, modifient le profil bactérien d'un individu, bien que personne ne sache pour combien de temps. Une étape clé pour développer le niveau de confiance nécessaire, dit Fierer, sera d'étendre la base de données des communautés microbiennes trouvées sur les mains des individus. Pouvoir comparer un profil à un grand nombre d'autres profils fournira une base de référence pour extraire les éléments vraiment individuels.

Cependant, dit Relman, la raison même qui le rend plus complexe lui donne toutes sortes de valeur que l'ADN n'aura jamais. Par exemple, dit-il, le microbiote d'une personne peut révéler non seulement son identité - il peut également donner des indices sur ce que cette personne a tendance à manger, par exemple, ou sur l'endroit où elle travaille ou vit, afin que les chercheurs puissent déterminer comment le les types de microbes transportés par le corps dépendent de ces facteurs.

Je pense que c'est le début du processus, dit Relman. Mais nous aurons besoin de beaucoup plus de sources de variation avant de pouvoir encore voir l'individu briller.

cacher