Avec une poursuite en brevet, Illumina cherche à apprivoiser le rival britannique émergent Oxford Nanopore

Le géant du séquençage de gènes Illumina est comme l'huile standard de l'ère du génome. Sauf qu'au lieu d'huile, il pompe l'ADN.

Plus de 90% de toutes les données ADN sont générées par des machines vendues par Illumina, et la société de San Diego souhaite que cela reste ainsi.

Cela explique pourquoi Illumina a déclaré aujourd'hui qu'il tenterait de bloquer les ventes commerciales d'un nouvel instrument de séquençage d'ADN perturbateur développé par un rival britannique de haut vol, Oxford Nanopore.

Dans un procès en matière de brevet et une plainte distincte auprès de la Commission du commerce international des États-Unis, Illumina a déclaré que les dispositifs de séquençage d'ADN de pointe de la société britannique contiennent des idées volées et devraient être arrêtés sur les quais.

À partir de 2014, Oxford a commencé à expédier un nouveau type de séquenceur d'ADN à nanopores qui analyse l'ADN en faisant passer les molécules à travers un minuscule pore délicat (voir Un nouveau séquenceur d'ADN radical entre enfin dans les mains des chercheurs). Chaque combinaison des lettres génétiques A, G, C, T produit un changement de courant électrique lors de son passage, permettant la lecture de la molécule.

Illumina dit contrôler le brevet sur le pore qu'Oxford utilise, ce qu'Oxford nie. Mais la plus grande bataille concerne les plates-formes technologiques et la question de savoir si le séquençage des nanopores peut ou non déplacer les machines d'Illumina.

Les instruments de la taille d'un réfrigérateur d'Illumina sont rapides et précis (voir Pourquoi Illumina est le numéro un). Mais parce qu'il fonctionne différemment, le MinION d'Oxford, comme l'appelle l'appareil, est suffisamment petit pour être portable (il a à peu près la taille d'un téléphone portable) et lit de très longues étendues d'ADN.

Un séquenceur d'ADN nanopore vendu par Oxford Nanopore est alimenté par une connexion USB.

Bien qu'elle soit plus lente et moins précise que les instruments d'Illumina, la technologie des nanopores menace de devenir un concurrent alors que les scientifiques lui trouvent des applications entièrement nouvelles comme le séquençage des virus Ebola et le diagnostic des patients d'un laboratoire de fortune en Guinée .

Sur son blog, Mick Watson, chercheur en génétique à l'Université d'Édimbourg qui utilise les deux technologies, a appelé les poursuites incroyablement décevant et a dit que pour les chercheurs, c'était comme si deux de vos amis se battaient.

En fait, les deux sociétés se disputent depuis 2012 après rompre les plans développer conjointement un instrument nanopore et devenir rivaux.

Dans un communiqué, le PDG d'Oxford Nanopore, Gordon Sanghera, a déclaré que les poursuites étaient sans fondement. Il a plaisanté en disant qu'il est gratifiant de voir la pertinence commerciale des produits Oxford Nanopore si publiquement reconnue par le monopoleur du marché.

Oxford n'a pas communiqué de chiffres de vente, mais la société a déclaré que plus de 1 000 équipes scientifiques utilisent le MinION.

Oxford est évalué L'entreprise technologique à croissance rapide la plus excitante et la plus précieuse de Grande-Bretagne. Il vaut déjà environ 970 millions de livres, soit 1,4 milliard de dollars, et est planifier une introduction en bourse , selon le L'heure du dimanche .

Jusqu'à présent, les appareils d'Oxford représentent une part du marché des machines de séquençage rapide, des produits chimiques et des logiciels, qui vaut 3 à 4 milliards de dollars par an, selon Shawn Baker, cofondateur d'AllSeq, un cabinet de conseil en génomique.

Parce qu'Oxford n'est pas encore une présence commerciale, dit Baker, le procès d'Illumina vise à protéger leur espace et à causer des maux de tête à Oxford alors qu'ils essaient de devenir publics.

Illumina a agressivement défendu son territoire, utilisant habilement les baisses de prix, les poursuites et les acquisitions pour maintenir sa position sur le marché. En 2012, il a même a ouvert le feu sur l'un de ses plus gros clients , l'opération de recherche chinoise BGI , après que cette organisation a acquis une technologie concurrente.

Les bactéries utilisent naturellement les pores des protéines pour déplacer les nutriments dans leurs corps cellulaires. Mais les pores sont très délicats et il a fallu 10 ans à Oxford pour apprendre à les fusionner en un appareil physique capable de lire l'ADN.

Oxford n'a jamais révélé publiquement exactement quel pore se trouve à l'intérieur de ses machines - la société dit que c'est un secret commercial. Mais selon les poursuites judiciaires d'Illumina, le MinION est plus susceptible d'utiliser un pore développé par Jens Gundlach, un physicien de l'Université de Washington et des collaborateurs de l'Université de l'Alabama.

Jusqu'aux travaux de Gundlach, publiés à partir de 2010 et ensuite licenciés par Illumina, le séquençage des nanopores était bloqué par des problèmes techniques. Mais Gundlach a découvert qu'un pore en forme d'entonnoir de la bactérie Mycobacterium smegmatis (ainsi nommé parce qu'il se trouve dans les sécrétions génitales) a produit un signal environ 10 fois plus fort que les pores précédents, selon le procès en brevet d'Illumina, qui a été rejoint par les deux universités.

Dans sa poursuite, Illumina affirme que de nombreuses sources de preuves suggèrent qu'Oxford utilise des versions améliorées de ce pore dans le MinION.

En demandant aux responsables américains du commerce d'enquêter sur Oxford et éventuellement d'interdire les importations de MinION aux États-Unis, Illumina pourrait irriter les chercheurs, car aucune technologie comparable n'est disponible. Illumina n'a jamais annoncé son intention de vendre son propre produit nanopore.

Les avocats d'Illumina - Fish & Richardson à Washington, D.C. - ont noté que le grand public ne serait pas lésé si le MinION était arrêté à la douane et interdit d'entrer aux États-Unis. Illumina peut combler n'importe quel vide avec ses propres produits, disent-ils.

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