À partir d'un tas de terre, des chercheurs découvrent un nouvel antibiotique

Une caisse de stockage en plastique remplie de terre de jardin pourrait avoir produit l'antibiotique le plus puissant découvert depuis des décennies.

Des bactéries difficiles à développer se développent à l'intérieur de cet appareil microfluidique incubé dans une mare de saleté.

En utilisant un nouveau dispositif microfluidique pour cultiver des bactéries du sol, des chercheurs de Boston et de Bonn, en Allemagne, affirment avoir identifié un nouveau type d'antibiotique qui tue les bactéries responsables de la pneumonie, du staphylocoque et des infections sanguines.

L'antibiotique, nommé teixobactine, n'a pas encore été testé chez l'homme. Mais il a guéri les souris de ces infections, et il est si différent des antibiotiques actuels que les scientifiques, qui ont rapporté leurs découvertes aujourd'hui dans la revue La nature , ont déclaré qu'ils espéraient que les germes n'y deviendraient jamais résistants.

D'autres ont dit que la résistance à tout antibiotique est inévitable, mais ils ont néanmoins qualifié la découverte d'importante. Cela ramène l'idée qu'il y a encore beaucoup de surprises imprévues qui se cachent dans le sol, dit Gérald Fink , microbiologiste au Whitehead Institute, qui fait partie du MIT.

D'autres antibiotiques importants, dont la tétracycline et la streptomycine, ont également été découverts dans les bactéries du sol. Mais à partir des années 1960, il semblait que la terre n'allait plus renoncer à ses défenses naturelles. C'est parce que la plupart des germes du sol ne peuvent pas être cultivés en laboratoire et étudiés.

Les scientifiques sont passés à d'autres approches, mais très peu de nouvelles classes d'antibiotiques ont été découvertes. La résistance aux antibiotiques étant de plus en plus courante, l'Organisation mondiale de la santé a prédit l'année dernière que ce vide de découverte pourrait conduire à une ère post-antibiotique, dans laquelle des blessures mineures et des infections courantes pourraient redevenir mortelles.

Les chercheurs ont découvert la teixobactine grâce à une nouvelle technologie de prospection des sols mise au point par Slava Epstein , biologiste à la Northeastern University de Boston. Il a conçu une puce microfluidique de deux pouces de long qui agit comme une chambre de diffusion portable.

Les chercheurs ont dilué la saleté, y compris une partie de leur propre arrière-cour, pour capturer un seul microbe du sol dans chacun des 306 petits trous à la surface de la puce. Ils placent ensuite la puce dans un bac de terre, permettant aux germes de rester dans leur environnement naturel.

Essentiellement, nous trompons les bactéries, dit Kim Lewis , le directeur du Centre de découverte antimicrobienne de la Northeastern University, qui a dirigé la recherche.

Lewis dit que son équipe a pu faire pousser des colonies de bactéries suffisamment robustes pour être transférées dans une boîte de Pétri, où elles pourraient être testées pour voir si elles produisaient des antibiotiques. Apparemment, le goulot d'étranglement dans la croissance des bactéries est d'atteindre cette première colonie, dit Lewis. Une fois que cela se produit, ils deviennent domestiqués.

Seulement environ 1% des bactéries du sol ont été cultivées, selon les chercheurs.

La teixobactine semble tuer les bactéries en se liant à une molécule de graisse qui est un élément constitutif de leurs parois cellulaires. C'est un mécanisme inhabituel, explique Tanja Schneider, chercheuse à l'Université de Bonn qui a travaillé sur le projet. Les bactéries pourraient ne pas développer facilement de résistance, voire jamais.

D'autres scientifiques disent qu'il est peu probable qu'un médicament puisse déjouer les bactéries indéfiniment. Il n'y a pas un seul exemple où la résistance n'a pas eu lieu, dit Chambres d'Henri , directeur des services de recherche clinique à l'Université de Californie à San Francisco et expert en résistance antimicrobienne auprès de l'Infectious Diseases Society of America.

Pourtant, s'il s'avère sûr à utiliser chez l'homme, la teixobactine pourrait fournir une nouvelle arme aux médecins. Une étude du Pew Charitable Trusts en 2014 découvert que seuls 38 nouveaux antibiotiques étaient en cours de développement par des sociétés pharmaceutiques, même si environ 23 000 personnes meurent chaque année aux États-Unis de bactéries résistantes aux médicaments.

Teixobactin a été autorisé à Produits pharmaceutiques NovoBiotic à Cambridge, Massachusetts, qui a collaboré à la recherche. Lewis dit qu'il faudra environ deux ans avant que le médicament puisse être testé sur des volontaires.

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