À la recherche d'indices de maladie dans la diversité génétique

Au cours des dernières années, les scientifiques ont découvert des centaines de variantes génétiques liées à la maladie. Mais la grande majorité de cette recherche s'est concentrée sur les personnes d'ascendance européenne, asiatique et africaine. Un nouvel effort pour cataloguer la diversité génétique parmi les habitants du Mexique - qui, avec d'autres latino-américains, ont une ascendance unique - pourrait faire la lumière sur les maladies qui affectent ces groupes de manière disproportionnée et sur les raisons pour lesquelles certains médicaments peuvent fonctionner plus ou moins efficacement dans ces populations. La recherche pourrait également aider à découvrir des variantes génétiques rares responsables d'une partie importante du risque génétique de maladie.

La fonte peut : Un nouvel effort pour étudier la diversité génétique chez les Latino-Américains, en particulier au Mexique, pourrait faire la lumière sur des maladies, telles que le diabète de type 2, qui frappent ce groupe de manière disproportionnée.

Si la médecine personnalisée doit devenir un phénomène mondial, alors les scientifiques doivent comprendre les génomes de toutes les populations du monde, selon Gerardo Jiménez-Sanchez , ancien directeur de l'Institut national de médecine génomique, au Mexique. (L'institut, créé en 2004, et connu sous l'acronyme INMEGEN , est analogue au National Human Genome Research Institute des États-Unis.)

Les Hispaniques sont un amalgame relativement jeune – environ 500 ans – de trois grands groupes continentaux – européens, amérindiens et africains – et représentent environ 15 % de la population mondiale. Dans cette zone, il y a tellement de variabilité environnementale et génétique que vous pouvez vraiment tirer parti de la diversité intrinsèque à votre avantage scientifique, dit Esteban Burchard , médecin et scientifique à l'Université de Californie à San Francisco. Par exemple, si une certaine maladie est beaucoup plus courante dans un groupe ancestral, les scientifiques n'ont qu'à cribler l'ADN hérité de ce groupe chez une personne d'ascendance mixte. Cela réduit considérablement la quantité d'ADN qui doit être examinée afin de trouver les gènes liés à la maladie.

Les chercheurs espèrent capturer une partie de cette diversité avec la Slim Initiative for Genomic Health récemment annoncée, un partenariat de 65 millions de dollars entre le Broad Institute, un institut de recherche en génomique à Cambridge, MA, et le Carlos Slim Health Institute, un organisme à but non lucratif basé à Mexico. La recherche se concentrera sur la base génétique du diabète de type 2 dans les populations mexicaines et latino-américaines, ainsi que sur la génomique du cancer dans le monde.

La plupart des travaux sur le diabète ont été réalisés dans des populations européennes, et l'on apprendra beaucoup en examinant d'autres populations, selon Eric Lander , directeur du Broad. Même si les mécanismes fondamentaux sont les mêmes dans toutes les populations, des variantes génétiques particulières seront différentes, il sera donc plus facile de trouver certains gènes dans certaines populations. Le diabète de type 2 survient à une fréquence particulièrement élevée dans les populations d'Amérique latine, et il y a des raisons de penser que la contribution des Amérindiens au pool génétique a un certain effet, ajoute-t-il. Bien que les détails spécifiques de l'initiative soient encore en cours de planification, elle englobera à la fois le séquençage des gènes et les études basées sur des puces à ADN. Une grande partie du travail initial sera effectué au Broad.

La nouvelle recherche s'appuiera sur les efforts récents pour cataloguer la diversité génétique du Mexique. L'année dernière, Jimenez et ses collaborateurs ont publié une version mexicaine de la HapMap, une carte des variations génétiques courantes, dans le Actes de l'Académie nationale des sciences . Le HapMap original, achevé en 2005 et développé en partie au Broad, a permis aux scientifiques de concevoir des puces à ADN parsemées de ces variations communes. Ces puces ont été utilisées pour dépister des dizaines de milliers de génomes de personnes afin de rechercher des variations génétiques qui surviennent plus fréquemment chez les personnes atteintes de maladies spécifiques.

Cependant, le HapMap original excluait presque entièrement les Amérindiens, en grande partie en raison de l'opposition politique des groupes autochtones. Et la plupart des Hispaniques sont en partie amérindiens – une étude récente menée à Mexico a révélé que 70 pour cent des ancêtres des participants étaient amérindiens, explique Burchard. Cela signifie que la HapMap ne s'applique pas aux populations latino-américaines contemporaines, dit-il.

La première ébauche de la HapMap mexicaine a déjà révélé une distribution unique de variations génétiques, appelées SNP (single nucleotide polymorphisms). Nous pouvons clairement voir différentes composantes dans le modèle de mélange dans la population mexicaine, dit Jimenez. Nous pouvons également observer que la population mexicaine est un mélange d'individus très européens à ceux qui sont très indigènes. Les scientifiques utiliseront ces informations pour concevoir de futures études capables d'identifier plus efficacement les gènes liés à la maladie.

Les chercheurs utilisent maintenant la carte pour analyser l'ascendance mexicaine - le pays abrite 65 groupes autochtones - et pour mener des études d'association à l'échelle du génome des maladies cardiovasculaires, de l'obésité, du diabète de type 2 et de la dégénérescence maculaire liée à l'âge. Des recherches préliminaires ont révélé une variation génétique liée à des taux élevés de cholestérol et de triglycérides qui semble être courante uniquement chez les peuples d'Amérique latine.

Jimenez, qui préside la Commission de biotechnologie de l'Organisation de coopération et de développement économiques, a déclaré que les résultats s'avéreraient importants pour le domaine en plein essor de la médecine personnalisée et pour les sociétés pharmaceutiques développant des médicaments génétiquement ciblés. Vous ne pouvez pas extrapoler le risque de maladie des Européens, dit-il. Vous devez vous assurer de développer des produits et services basés sur la constitution génétique des populations mexicaines. La médecine génomique n'est pas quelque chose que nous pouvons développer aux États-Unis et exporter dans le monde.

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